《九宫奇局》讲述了在民国初期的吴淞镇不断发生奇异命案,义庄仵作柳归元、乡绅石乐志、江洋大盗的妹妹林凤儿、留洋归来的团长女儿陆香邑彼此信任巧破谜案,寻找九龙秘藏真相的故事。
民国4年,袁世凯意图称帝,政局动荡是年秋,吴淞镇大火,灾民数以万计,本就鱼龙混杂的吴淞镇显得更为动荡不安。因地方善款筹集,吴淞镇重修民居,却在某宅架梁时出现意外,其间曝出一具男尸,其状诡异,引得镇上流言纷起,镇民惶恐,募资请僧道作法驱邪超度,其间亦有江湖术士混事,搅得镇上一派乌烟瘴气。镇保卫团长陆悦戎行伍出身,最是不信神鬼之说,见此情形不由大怒,一面下令驱散僧道术士,一面着人找来镇上义庄仵工吴云根、凌归元师徒,命其验尸查明死因,以正视听。镇上落魄乡绅少爷石乐志少年游历颇广,得知此案后便颠颠地来了,又见陆香邑在场,欲有所表现,当下一味指点评说,言语间对吴云根、凌归元师徒颇为不屑。吴云根对此不以为意,自顾检视死者身上之绿芽,神情颇为震惊,继而借故推脱似有隐情,其间语焉不详。