公元1646年，清顺治二年，湖南衡州(现衡阳)。 　南岳励志反清复明的书生王夫之发现大明五虎将之一，大明忠臣良将——张铁军是含冤入狱的，并受张铁军的侍卫长李虎臣以死相托，不顾家庭阻挠，带着侄子王敉，带着李虎臣临死前让他转交给张铁军的当年五虎将做的龙虎忠烈酒，前往衡州替张铁军鸣冤。

　　张铁军的女儿张莺羽也为救父亲而违心投靠清摄政王多尔衮，被多尔衮亲手培养成女间谍、女杀手，并被派往衡州刺探大明情况。作为交换，多尔衮答应全力营救张铁军。

　　实际上，多尔衮为了早日得到衡州，及所有大明江山，指派身边太监麻公公和大明降将，当初也是大明五虎将之一的孔有德一起前往衡州，杀张铁军。因为多尔衮心中早已明白，一旦张铁军被放出，就会一呼百应地召集旧部和天下大明子民共同抵抗清廷的入侵，会给大清带来无穷的麻烦。

　　同时，也是大明的降将、当年的大明五虎将之一的吴三桂，受张莺羽的师姐、夫人陈圆圆之求，秘密前往衡州救张铁军，会见南明朝廷东阁大学士、奸臣王化澄，并拿出了密信要挟王化澄;但被老奸巨猾的王化澄拒绝。

　　王夫之赶到衡州，没想到和吴三桂住在同一客栈，为了证实吴三桂的身份，王夫之利用随身携带的龙虎忠烈酒引出了吴三桂，并由此结识了张莺羽。

　　为了救张铁军，王夫之当街拦轿，向王化澄提出为大明社稷，释放含冤的张铁军的要求，但王化澄却让王夫之以刺杀吴三桂为条件，一旦成功立即释放张铁军。

南岳奇人王船山剧照

　　王夫之刺杀吴三桂未果，自愿前往王化澄府领死，被大明五虎将之一，南明元帅瞿式耜所救。瞿式耜钦佩王夫之作为南岳书生领袖的为保大明不惜牺牲自己的精神，成为王夫之的挚友，并答应全力营救张铁军，同时安排王夫之前往监狱探视张铁军。 这边，张莺羽也在麻公公的安排下，见到了父亲，送上了亲手制作的战靴，并说多尔衮已经在设法营救父亲，但被张铁军断然拒绝，并以断绝父女关系的决心，让张莺羽远离多尔衮，为大明效力。 麻公公暗中指令孔有德买通看守，放孔有德带人进入监狱，利用王夫之送的龙虎忠烈酒毒死了张铁军，并嫁祸于王夫之，张莺羽信以为真，开始寻找和刺杀毒死了自己父亲的仇人——王夫之，从而引出了一段悲壮、凄美而又浪漫的故事——

　　公元1648年，清顺治四年，明降将孔有德率兵攻占了衡州，被封为大清定南王，镇守衡州。

　　此时，张莺羽已经被多尔衮培养成一名武功高强的女间谍、女杀手，但多尔衮没有料到的是，张莺羽暗中调查，逐步发现父亲死亡的真相，并知道王夫之是被冤枉的，在和王夫之一系列的争斗中，逐渐体会到王夫之为人的真诚，为大明社稷的尽心，心中对王夫之产生了一丝情感，但为自己身份所限而不能大胆表白，只能暗中帮助王夫之，帮助大明。

　　衡州失守后，王夫之开始组织匡社，积极准备起义，并到处宣传和撰文号召全天下的百姓一起抵抗清廷的入侵。 衡州蔡侯纸坊老板的女儿郑爱莲在一次偶然的机会遇见王夫之，并被他的才华所倾倒，加入了匡社，和王夫之一起准备起义，同时也开始了漫长的追求。而同样在追求郑爱莲的王夫之同窗密友——尹长民却因得不到郑爱莲的爱而生恨，暗中投靠孔有德，做了大明的叛徒，出卖了匡社的成员，使匡社起义失败。王夫之、郑爱莲等人被迫逃离，投奔南明元帅瞿式耜帐下，继续为大明效力。

　　已经知道真相的张莺羽也已经暗中成为瞿式耜的间谍，成为双面间谍。背叛清廷，为大明效力。并提供了不少清廷的情报，一次次化解了大明的危机。但在对待王夫之的感情上，却由于身份所限而不能直白的表达，同时也产生了不少误会。 父母亲的相继死亡，使王夫之丧失了入朝为官的机会，王夫之只能利用自己的机智和才能帮助瞿式耜抓出了隐藏在南明朝廷中的奸细夏公公和贪官王化澄。

　　一次次的失误，使麻公公开始怀疑张莺羽，暗中指使尹长民监视张莺羽，并偷到了张莺羽背叛清廷的证据。在春意酒楼(清廷在南明的秘密据点)张莺羽承认自己双面间谍的身份，并道明了父亲死亡的真相，指出多尔衮、孔有德、麻公公就是杀害自己父亲的真正凶手。恼羞成怒的麻公公下令手下围攻张莺羽，身受重伤的张莺羽被及时赶来的王夫之所救。

　　由于南明朝廷的腐败无能，使大明失城丧地，最后瞿式耜兵败自杀。王夫之、张莺羽和郑爱莲等人逃离南明朝廷，来到南岳七十二峰之一的耶姜山躲避。

　　为了报杀父之仇，张莺羽自身前往大清京城，成功刺杀了多尔衮，并同样成功刺杀了孔有德。

　　已经升任大清知府的尹长民却没有放过夺走他爱人的王夫之，多次带人追杀王夫之，还杀死了王夫之原配夫人陶秀英，并一路跟踪到耶姜山，扬言不交出王夫之就要血洗耶姜山。为了耶姜山的百姓，王夫之只能再次出逃，离开耶姜山，秘密回到湖南衡州的湘西草堂。想不到尹长民还是跟踪到湘西草堂，暗中行刺王夫之，但在王夫之和郑爱莲联手下，尹长民终于结束了自己可耻的一生。

　　在张莺羽的成全下，王夫之和一直追求他的郑爱莲结婚，并隐居在湘西草堂。

　　此时的吴三桂却在暗中作称帝的准备工作，并利用朱由榔作掩护，骗王夫之为自己写一篇申讨大清，号召天下百姓起来反抗大清的檄文。最后在张莺羽和陈圆圆的帮助下，王夫之看清了吴三桂的真实面目，拿回了檄文。而陈圆圆不愿看到吴三桂再次成为千古罪人，骗吴三桂一起喝下了慢性毒药…

　　张莺羽在了却了所有的愿望之后，在看到心爱的人有了美好的归宿之后，成为了一名带发修行的尼姑…

　　郑爱莲劝王船山一定要找回张莺羽，并说会想陶秀英那样善待张莺羽。在郑爱莲的鼓励下，王夫之到处寻找张莺羽，最后终于在衡州深处的尼姑庵找到了张莺羽…

　　隐居在湘西草堂的王夫之开始了长达十八年的潜心著书立说的工作…