永乐年间，惠帝撤藩，燕王朱棣挥军入京，惠帝失踪，朱棣即位，是为成祖。二十年成祖励精图治，国泰民安。平一姑与其子平常初到京城，以假医术骗人，平常在赌坊遇一名似流浪汉王九，三人结伴而行。
天命为郑和医病，平常佩服，在王九暗助下投其门下!并和天命得意门生农草堂成为朋友。天命之女素问患有性格分裂性，另一身份是灵枢。
素问与平常经常接触，二人产生感情;草堂与灵枢也互生情愫。可在王九医治素问的手术后，只留下了灵枢，令平常失去挚爱。王九租捕头粟米的房开起医馆，天命前来寻不死药，原来王九是当年医神农金匮的另一弟子王宵。
天命发现了平常医学天份将其赶出医馆。平常做了王九的首徒。 一名叫竹利幸福的日本人来向天命、王九问道。王九取胜，幸福拜王九为师。幸福认识了自幼无父母由爷爷带大且双目失明的小猪，寄情。在众人的努力医治下，小猪重见光明，与幸福也有了圆满的结局。
王九与前来讨租的粟米妹妹不足日久生情，可始终难忘已去世的天命之妻芍药。逃情路上遇昏迷的雷蕾带回医治，雷蕾的到来及其与王九的言行，令不足醋味十足。后雷蕾在感激众人的照顾下依依不舍的离去。王九与不足的感情有了发展。
皇朝太医剧照
平常在大家的动员下，刻苦习医与草堂一齐参加太医考劾，二人皆被录取。身为太医的平常并不习惯官僚生活。
一姑发现草堂是自己的儿子，但在天命的威胁下不敢相认，原来当年有恩于一姑的农金匮抱其子被追后，一姑感恩将二子对换，平常实则是医神农金匮之子!草堂得知后却不愿接受事实，后一姑为救草堂而死。幸福之父竹利义满率日本武士前来，要协助蛰伏民间，图谋复位的惠帝推翻成祖!惠帝并收买了天命与草堂。
成祖及众臣受害身中剧毒，危急关头，被平常、幸福救之，惠帝功败垂成自尽。灵枢亦记起了素问的一切，终和平常走到了一起……
