三生三世枕上书剧情讲述了青丘帝姬凤九和太晨宫尊神东华之间两千年的纠葛情缘故事。
青丘帝姬白凤九在山间修行时被一头妖兽攻击，危急时刻被路过的天国帝君东华所救，从此铭记在心。为报恩凤九执意跟随东华与作乱世间的妖君渺落战斗。在相处中她发现自己的报恩之情已转化为爱慕之意。但东华在千百年与邪恶的斗争中，已经忘却了“情爱”二字。为保护凤九安全，东华将她送到人间，却不幸令朋友为保护她而死。凤九为找到传说中能起死复生的仙果，进入翼族公主阿兰若的幻梦之境，重历阿兰若的坎坷一生。
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东华历经艰辛救出凤九，发现自己已爱上了她。二人准备成亲，东华却为了救姬蘅公主而错过婚宴。失落的凤九独自一人前往人间并生下了东华的儿子白滚滚。此时东华重伤发作，自觉命不久矣，只能将对凤九的爱埋在心底，将自己的半心化作一只琉璃戒护凤九周全并准备羽化，感悟到东华对自己深沉的感情，凤九毅然赶赴帝君与渺落的战场，燃烧生命的力量，战胜强敌，帮助东华维护了世间和平。
最终正义战胜邪恶，光明战胜黑暗，凤九因重伤而沉睡不醒，东华和白滚滚父子相认。
