时空侠剧情讲述了时空管理局时空特工上官孬为维护时空秩序，不得不穿梭各大时空捉捕时空恐怖组织 “九头鼠”人员，并由此引发的一系列阴差阳错的爆笑故事。

　　作为维护时空秩序、保护人类发展的秘密组织，时空管理局一直以正义的形象隐于暗处。身为时空管理局的特工，隐匿而伟大的时空侠们，在郑局长、付局长的共同管理下，处理着一件件“时空事故”，而作为时空侠的宿敌，名为“九头鼠”的组织，却从未停止制造祸乱。

　　精明能干的郑局推荐了一个意想不到的落魄推销员--上官孬，这个原本是市井混混的小子得到了拯救世界的机会。然而，还没等得到系统的训练，上官便临危受命被送入时空隧道，并开始执行追捕“九头鼠”的任务。

　　在被误送入战国后，无法再次依靠时空仪穿梭的上官，只得乘坐时空列车，按照顺序前往明朝。在战国，上官误将荆轲当作九头鼠，并将其逼疯。在一番闹剧后，上官邂逅了名为西子的时空接头人。二人开始协同工作，并将“荆轲刺秦”这一历史片段扶回正轨。因为“九头鼠”的身上有着西子一直想要寻找的身世之谜。于是，二人开始了相爱相杀的时空之旅。