特别输送剧情讲述日本人在伪满洲国设置细菌实验基地的秘密被哈尔滨警察厅督查冯剑白发现并炸毁的故事。

　　哈尔滨发生的一起离奇命案使得警官冯剑白卷入系列的神秘案件，对于案件的调查陷入重重的困难中，所以抓到的线索都断了。

　　他所查到的与案件相关的人刘顺、赵秉琪、艾德烈等都相继死去，冯剑白也受到来自不同政治立场人的威胁，自身的生命都受到威胁。

　　冯剑白坚决要追查到底，在关东军宪兵队、东北抗联、各国谍报机构的惊心暗战斗争中，冯剑白渐渐的揭开谜底。

　　在各方的配合帮助下，他们截获反满抗日武装所需要的，正被佐藤偷偷转移中的军火，粉碎佐藤在哈尔滨进行细菌战实验的阴谋。

　　日本宪兵队机关和伪满当局根据七三一部队要求，经常把华中、东北各地的中国人、苏联人、蒙古人和朝鲜人秘密地押送到七三一部队，供细菌试验之用。被押送的人大多数是被俘的八路军、新四军、苏联红军、地下工作者和反满抗日的工人、教员、学生、还有所谓的政治嫌疑犯。在运送期间，为防止暴露，日本宪兵队官方给被押送人员规定了一个专用名词："特殊材料""特别输送"。据日本宪兵署的文件记载，自从一九三九年起，就有"特别输送俘虏"之事。日本关东军宪兵司令城仓少将于一九三九年发布过将三十名俘虏"特别输送"到石井部队的第二二四号命令。