特赦1959剧情讲述了在新中国成立十年后，最高人民法院于1959年将关押在北京功德林战犯管理所的高级战犯特赦的故事。
1949年新中国成立，党中央指示将关押在全国各地的蒋介石集团的高级战犯转入北京功德林集中关押。其中有国民党将领杜聿明、王耀武、曾扩情、黄维等人。起初他们对共产党的改造政策采取抗拒的态度。在改造和反改造的艰难博弈中，他们的灵魂在悄悄的发生着变化。毛主席肯定了国共合作期间国民党将领在抗日战场上的功绩。功德林的战犯如沐春风深受感动，开始主动交待自己的历史和罪行。
1959年国庆前夕，共和国主席刘少奇发布了对蒋介石集团和伪满洲国战争罪犯的特赦令。这一天，杜聿明、王耀武等人依次从共和国法官的手里接过了特赦书。这是一段脱胎换骨的经历，1949年被共产党在战场上打败，1959年被共产党在心灵上征服。
