伪装者2-深海剧情讲述抗日战争时期，汪伪政府在日本的指挥下，开始对淞沪地区的中共地下党员进行大面积捕杀，由于“孤鹰”年宝泉叛变导致大量中共地下党交通站被毁。行动处一分队队长赵凯文截获了半本中共电报密码本，通过破译得知中共即将转移一批重要档案的情报，为了摧毁中共地下党，汪伪政府下令就地截获这批档案，唐博豪对誊写压缩转移档案的“钢笔”方子建展开追捕，却屡次被死对头赵凯文搅局，渐渐失去张德全的信任，在妹妹唐博云牺牲后，唐博豪逐渐认识到汪伪政府“曲线救国”的实质是“曲线卖国”。

　　行动处里，代号“蜜蜂”的潜伏共产党员邓艺琳试图打探一切关于“钢笔”的信息并揪出叛变的“孤鹰”。唐博豪在邓艺琳和方子建的感召下，逐渐转变为一个坚定的革命者，继续潜伏在行动处，他带着向组织申请的代号—“深海”，坚定向前。