南中国海滨海市公安局缉毒闪电突击队发起海上缉毒行动，拦截涉毒船只，公安局杨副局长下令务必将海上船只拦截，突击队队长耿磊带着狙击手李金泽和突击队员谭卓坐在直升机上，盘旋在涉毒船只的上空，瞄准了涉毒船只将其控制在范围内，李金泽成功击毙了船只驾驶员迫停船只。由于船上的军火情况不明，李金泽建议等待支援人员赶到再下去，可耿磊一意孤行带着阿豪一起进入里面。 两人顺利击毙了船舱里的匪徒，进入了船下仓库里面，发现了很多毒品，还有一个被绑架的女孩，本以为已经没有安全隐患了，耿磊向上级汇报进展，可没想到被绑架的女孩于莎楚却是毒犯的小头目，功夫高强，出其不意的袭击了阿豪，与此同时，藏在暗中的另一个小头目宋康达也冲出来对付耿磊，最终宋康达和于莎楚夺路而逃跳上了早就准备好的汽艇上，同时按响了安装在船上的炸弹，阿豪未能及时跳入水中导致受了重伤送往医院，一直处于昏迷之中。 这次闪电突击队行动的失败，遭到了杨副局长的训斥，要求耿磊交出满意答卷，耿磊带着自责的心情向杨副局长提出辞去组长的职务，又遭到了杨副局长的一番训斥，耿磊只好保证在接下来的行动中将毒犯抓捕归案。 在一家私人会所里忽然发生了命案，会所老板的儿子带人回来吸毒，却因为新型毒品致幻的缘故导致出现了命案，耿磊带着侦查员李一彤等人赶去了命案现场，迅速提取了现场的线索，将嫌疑人抓捕归案，其中一个还是香港人。耿磊熟悉吸毒人员的品性，知道几个小时不给吸毒必然毒瘾发作，特意假装进行审问，让香港人故意看到了吸毒者发作的样子，误以为所有的事情已经招供，为了坦白从宽，说出了交易的线索。 此番负责交易的人就是于莎楚和宋康达，耿磊带人提前埋伏，但却没想到在抓捕开始的时候，对方竟然安排了狙击手在暗处，几名便衣被当场枪杀，耿磊和李金泽随后开车追赶，在追捕过程中打伤了于莎楚，但却还是让他们逃脱，最终只是缴获了车上的毒品。 宋康达带着于莎楚来到临街的一家牙科诊所，强迫牙医为她疗伤，牙医无奈之下只好答应，简单处理了伤口之后，宋康达提出要带着于莎楚私奔，可却遭到了于莎楚的反对，因为教授已经下令要求他们去缅甸。宋康达认为教授太过于残暴，不愿意继续效力，但于莎楚却用刀逼着了宋康达，也警告宋康达以后不许再说教授半句坏话。 耿磊调查发现现在毒贩们贩卖的毒品都是新型材料制作，只要控制了原材料，就会让毒犯忍不住自己跳出来，杨副局长同意了这个诱敌深入的计策。 缅甸，教授因为这次行动失败而打了宋康达，宋康达指责是大B所为，但教授却指出其实大B三天前就被捉了，而警方得到的消息是在大B被抓之后，也就是说这次交易毒品只有宋康达和于莎楚还有另外一个名叫蓝焰的人知道这件事，宋康达本想指责蓝焰的出卖，可没想到教授因为被蓝焰救过，因此对他十分信任，这件事虽然暂时作罢，教授将怀疑的目光投向了宋康达，只是暂时没有证据。 阿豪依然在医院里昏迷不醒，谭卓的母亲也因为心脏病而在医院治疗，交不起庞大的住院费和手术费人，让谭卓对母亲充满了自责。耿磊拿着自己的钱想要代为交住院费的时候，听闻谭卓母亲不仅仅住院费交完了，甚至连手术费都交完了，耿磊心头一凛。 谭卓也收到了消息，知道母亲的手术费已经交了，他拨打电话对方也不接听，这让谭卓心中不安，不知道究竟是谁缴纳的。谭卓在医院照顾母亲的时候，看着病床上的母亲，谭卓心中无比难过。 与此同时，闪电队还有一个队员因为买房子去了一趟中介所，而收到了一笔三百万的收款，他将这件事汇报给了耿磊，耿磊让李一彤进行调查发现，谭卓母亲和这个队员的转账账户来自同一个人，随后又调查了一下给两人发消息的信息位置，锁定了那个时间段出入音乐厅的所有人，排查监控发现了可疑之人。 闪电突击队迅速对音乐厅进行布控，眼看着大毒枭艾斯从里面出来去取货，耿磊带人包围了交易场所，可没想到虽然抓住了艾斯，车上却只是一些正常的饮料，能搜出来的毒品也只有80克，蓝焰来消息通知才知道自己被教授耍了。 回去之后怒不可遏的耿磊打了谭卓，认为是谭卓收了一百万，这才出卖了大家的行动，勒令谭卓停职，张祖名不满耿磊的行为，怒斥耿磊冤枉自己的战友，指挥失败还害惨了阿豪躺在病床上，闪电突击队第一次发生了内部激烈的争吵。 谭卓得知海边鱼排上面有制毒窝点，一个人过去想要摸底调查清楚将功赎罪，可没想到被宋康达发现了，宋康达当即拨打视频给教授，教授看着谭卓讽刺他是不自量力，之前一百万也是教授让人转账给谭卓，口口声声算是他对于毒品的代言费，命令宋康达给谭卓灌下去毒品，还让蓝焰从旁录像。 蓝焰趁着宋康达不在时候想偷偷将谭卓放走，却没想到反而中计，实际上教授也早就开始怀疑蓝焰，故意针对宋康达就是为了让蓝焰放松警惕，还故意让蓝燕看到了他们在新世界大厦的制毒工厂，在这次博弈中谭卓为了掩护蓝焰逃走自己被宋康达开枪打死扔在了海水里。 当尸体送回到警察局的时候，耿磊愤怒了，张祖名也责怪耿磊不该让谭卓离职，否则也不会导致了谭卓的死亡，耿磊向上级请示搜查鱼排，此时鱼排上的人也得到消息想要销毁船上的所有原材料，但还是晚了一步，最终宋康达被突击队成功击毙。 其实谭卓并不是自作主张去的，而是和耿磊上演的一出戏，故意在大家面前争吵，私下已经协商好，甘愿去执行任务，鱼排上制作嗨乐神的消息也是从蓝焰那里获得，杨副局长同意了耿磊和谭卓的计划。 闪电队的成员带着谭卓的遗像来看谭母的时候，患有阿尔兹海默症的谭母根本不认识谭卓的样子，却依然心痛落泪，耿磊和成员们一起对谭母呼唤母亲。 蓝焰是香港的卧底警察，来到警局之后，向大家说出了教授就是罗洪班的身份，协助警方抓捕罗洪班，而此时教授也已经将嗨乐神的数据出让，获得了一笔巨额转账。 在新世界大厦对面的楼上，教授看着对面楼上忙碌的警察心中得意，而耿磊则站在玻璃窗前看着对面楼上的教授，教授格外得意，用遥控器想要启动实验室的炸弹，让突击队的人跟着陪葬，可却并不知道其实对面实验室里的炸药早已经被切断了电线，就在教授的楼下也已经布控了警方的力量，教授意识到情况不对劲要和于莎楚逃走的时候已经被包围了。 耿磊赶过来和于莎楚狭路相逢，于莎楚被打成重伤，教授拿着手枪本想打死耿磊，却被耿磊巧妙躲开了，子弹都打在了于莎楚的身上，教授发现自己打错了人，却没有丝毫的惋惜，反而又补了一枪。 当突击队包围教授的时候，他拿着炸药想要同归于尽，耿磊冲过来抱着教授想要一起冲下去，但被后面的李金泽给死死拉住，教授则直接冲下楼摔死。李金泽正要支撑不住的时候，阿豪赶到了，更多的战友们赶到了，大家一个人拉着另一个人助力，成功保住了战友的生命，在这个胜利的夜晚，大家坐在楼顶遥望月亮，畅谈着人生趣事。