学校通知学生在校园里增加了安全措施，邓布利多的解释是要保护学生和学校不受狂暴的食死徒威胁。然而，这些年轻小魔法师们将会发现，没有任何神奇灵药能够帮助他们控制蠢蠢欲动的青春躁动及错综复杂的爱情纠葛，包括暗恋、单相思、争风吃醋、横刀夺爱等麻瓜世界青少年会出现的青春期恋情，如今在魔法世界中也同样上演。

　　哈利对金妮·韦斯莱产生感觉，但金妮却跟迪安·托马斯正在交往，何况她老哥是罗恩。另一方面，爱上拉文德·布朗的罗恩也自顾不暇，使得暗恋他的赫敏在一旁很不是滋味，于是一气之下决定跟寇马约会，即使她根本受不了他，因为她只是希望罗恩会吃醋。这次，欢迎大家来到年轻人的正常爱情世界。

　　在青春萌动的背后，令人闻之丧胆的伏地魔及食死徒再度回来肆虐，并同时向麻瓜世界和魔法世界伸出魔爪，霍格沃兹魔法学校不再是安全的避风港。哈利怀疑连霍格沃兹的城堡内都危机四伏，邓布利多则全力替哈利将来的迎战做准备，因为他明白最后之战即将来临。

　　邓布利多需要哈利帮他找到一个关键的信息，以便找出伏地魔的七个魂器。唯有找出魂器，才有可能彻底瓦解伏地魔与他的黑暗势力。但这个关键的记忆就深埋在前霍格沃兹魔药学教授霍拉斯·斯拉格霍恩的脑海里。为此，邓布利多只好以高薪、大办公室等优厚条件利诱他的老友兼昔日同事重回教学岗位，让哈利有机会求教于他。

　　鲁弗斯·斯克林杰接替康奈利·福吉成为了魔法部的部长。原因是魔法世界中的人们认为康奈利·福吉对于早些时候伏地魔对魔法世界发动的袭击处理不当。

　　西弗勒斯·斯内普施放了牢不可破的誓言，他向德拉科·马尔福的妈妈保证，他会在德拉科·马尔福的第一个食死徒任务中进行保护和帮助。

　　哈利·波特和阿不思·邓布利多成功说服了霍拉斯·斯拉格霍恩重返学校，担任魔药课教师，而西弗勒斯·斯内普教授则如愿以偿，成为了黑魔法防御课老师。在一节哈利·波特忘带课本的魔药课上，霍拉斯·斯拉格霍恩借给了哈利一本旧的魔药课课本。哈利发现，这本旧课本上面签着“混血王子”这个名字，此外这本书上还有很多笔记。而哈利靠着这些笔记取得了甚至比赫敏·格兰杰还要优秀得魔药课成绩。

　　而另一方面，哈利的情感也日渐成熟，在心底对金妮的迷恋越发强烈;赫敏和罗恩的感情也出现了摩擦：罗恩挽着拉文德的手走来走去，赫敏独自吃醋……

　　哈利·波特与混血王子电影海报 邓布利多用他的冥想盆向哈利展示了一些伏地魔过去的情况，并且认定伏地魔在过去曾经把自己的灵魂分成七份，并且将其中的六份藏入了魂器(一些可以永世长存的魔法物品)中。其实，伏地魔的两个魂器已经被摧毁了，其中一个是被哈利·波特毁掉的汤姆·里德尔的日记[HP2]，另一个是由邓布利多毁掉的马沃罗·冈特的戒指。邓布利多相信想要杀死伏地魔，另外四个魂器也需要毁掉。所以，他和哈利前去取回萨拉查·斯莱特林的挂坠盒。邓布利多因为喝掉了保护挂坠盒的药剂而变得非常虚弱。

　　他们两个返回后发现黑魔标记出现在霍格沃茨魔法学校，这表示食死徒来到了霍格沃茨魔法学校并与教职员和学生发生了战斗。邓布利多释放咒语令藏在隐形衣下的哈利僵住。这之后，哈利便在别人看不到他的情况下目睹了一系列大事：德拉科·马尔福到来并且表示是他用魔法橱柜把食死徒带进了学校。后来更多的食死徒赶到现场，催促德拉科·马尔福完成任务。但是，德拉科·马尔福面对邓布利多显得十分犹豫。此时，西弗勒斯·斯内普来了，他用“阿瓦达索命”这句咒语杀了邓布利多，履行了他和德拉科·马尔福的妈妈的誓言。后来，哈利一路追击西弗勒斯·斯内普(同时说出自己就是“混血王子”，并早已发现哈利得到了自己以前的这本魔药书)和德拉科·马尔福，但是他们仍然逃出了霍格沃茨魔法学校。

　　麦格教授成为了霍格沃茨魔法学校的临时校长，但是学校很可能将会因为不安全而被关闭。哈利发现他和邓布利多辛苦得到的斯莱特林小金匣是假的，真的挂坠盒被一个署名为R.A.B.的神秘人物取走。在邓布利多的葬礼结束之后，哈利决定无论怎样他都不回学校继续学习，而是去投身于毁掉伏地魔的所有魂器，并且立志最终敏及罗恩也表示他们会跟哈利一起执行这使命