萌宠特工队剧情讲述小镇盗窃案频频发生，一只梦想成为大侦探的猫咪为了找出真凶决定离家出走。旅途中的她遇到了一只自认风度翩翩的公鸡，一只梦想成为马戏团明星的驴，一只仇恨人类的守门狗。四只小动物历经磨合，即将找出真凶时，却被误认为是偷窃真凶。他们该如何证明清白，如何守护友谊和梦想…