电影祈祷落幕时剧情根据东野圭吾的同名小说改编，讲述了刑警加贺恭一郎在调查女性被害案时发现关于自己母亲的真相的故事。

　　在东京都葛饰区小菅的某座公寓里，发现了一具被勒死的女性遗体。被害者是在清洁公司上班、住在滋贺县的押谷道子。而杀人现场的住户越川睦夫下落不明。以松宫为首的警视厅搜查一科刑警们查不出越川与押谷道子有何交集，案件调查陷入困境。

　　尽管知道押谷道子是为了拜访她的同学、导演浅居博美才来东京的，但博美与越川之间也找不出什么交集。这时，案发地点附近发现了被烧死的尸体，松宫怀疑两者有关联。

　　警方从越川公寓的物品中，发现了写有日本桥周围12座桥名的挂历。刑警加贺恭一郎知道此事后非常激动，因为那东西与他的亡母大有关联。