使徒行者2：谍影行动剧情讲述一份暗网解锁的黑警信息，令警界陷入前所未有的恐慌。为保护证据，警司程滔陷入危机，其师父叶志帆与兄弟井进贤亦因此交恶。

　　警界内部敌友难分。随着调查深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面，以及一段儿时尘封的回忆引出隐藏着的惊天秘密。