故事发生在二战期间，1944年的西班牙仍然笼罩在佛朗哥法西斯独裁政权和内战狼烟阴霾下，军队四处搜捕、屠杀共产党员和民主人士。12岁的奥菲丽娅(伊万娜·巴克尔诺)随身怀六甲的母亲卡门去北部与继父维达(塞吉·洛佩兹)会合。维达的真正身份其实是负责在西班牙北部镇压、逮捕当地游击队的法西斯军官，接卡门母女同住与其说是共享天伦还不如说只是要监视卡门把属于他的骨肉生下来，维达的一个乐趣之一是研究各种刑具来折磨残害被抓来的异见人士。

　　眼睁睁的看着冷酷的继父和其党羽每日做恶还以此为乐，母亲又患病在床，被孤独感和目睹暴行的痛苦困扰的奥菲丽娅开始沉浸在自己的幻想中聊以自慰。在奥菲丽娅随她母亲去她继父的路上无意中遇到一只形似竹节虫的精灵。精灵跟随她一直到军队总部。当晚精灵带领她到磨坊旁边的一个迷宫中，这个迷宫是传说中冥神为她女儿回去留下的入口——幻想中的秘境原来确实存在。而迷宫的守门人——长着山羊犄角和透明眼珠的半兽人潘神(半人半羊的农牧之神，自称翁法，道格·琼斯饰)正在等待她的到来，潘神告诉奥菲丽娅她其实是一个地下王国走失的公主，要重回她的王国奥菲丽娅必须在迷宫接受三个挑战。他给了奥菲丽娅一本书，让她一个人的时候照着书上说的完成任务。

　　潘神对她大失所望，决定从此离开她。而此时奥菲丽娅的母亲正处于难产。为了传宗接代，上尉选择了孩子而不是奥菲丽娅的母亲卡门。母亲去世，奥菲丽娅没有了牵挂，准备逃走，结果被抓回来关进屋子里。

　　潘神又回来了，说再给奥菲丽娅一次机会，但要求是要奥菲丽娅全部都听他的……

　　奥菲丽娅按照与潘神的约定带着她同母异父的小弟弟来到了与潘神初遇的地方，结果是要用弟弟纯洁的血打开通往冥界的大门。善良的奥菲丽娅拒绝了，潘神失望地走了。原来继父一直跟在她后面，惊吓之下，继父抱走了弟弟，回头开枪打死了奥菲丽娅。

　　继父走出迷宫后，被敌方围住，将自己的孩子交给一个曾经伪装为他的仆人的女间谍默西迪斯手中后被游击队员一枪打死。

　　奥菲丽娅其实做出了正确的选择，她自己的血为她开启了冥界的大门，她的灵魂终于回到她的父母那里。原来那对于弟弟生死的选择只是潘神和冥界之王对她的考验。在故事的尾声，身为公主的她在地底下统治了几个世纪……而现实世界里奥菲丽娅的身体已逐渐冰冷，离开人世。