清乾隆年间，江南武林红花会总舵主于万亭带同四当家文泰来夜闯清廷禁宫。总舵主于万亭见过乾隆后，遭清兵毒手，死前立下遗命，由年轻义子陈家洛接任总舵主之位，红花会上下准备最隆重的接任大礼。
隐身于陕西扶风延绥镇总兵李可秀家为西宾的武当派名宿陆菲青，随主人新迁浙江水陆提督前往江南的途中，遇上并参加仪式，却被朝廷鹰爪困在三道沟客栈，被文泰来等相救，将他们荐至周仲英处避难。
适逢周仲英外出，朝廷鹰爪尾随前来，激战之余，文泰来被捕，骆冰与余鱼同逃出。周仲英外出归来，恼怒异常，红花会众英雄赶来铁胆庄，因误以为文泰来被出卖，双方交手，混战一场。红花会新任总舵主陈家洛赶来以百花错拳胜周仲英，后得知周仲英之子只有十岁，才知错怪对方，握手言和。
为救文泰来，众英雄堵截镖行车队与为抢回圣物的一部落相遇，陈家洛出手相救，与霍青桐彼此惺惺相惜，并肩作战，几经波折，终于为霍青桐取回圣物。李沅芷女扮男装前来助战，与霍青桐欢笑戏闹，陈家洛以为霍青桐心有所许，霍青桐知陈家洛误会，一时间难解释明白，告辞而归，临行前将自己珍藏的一把短剑赠送给陈，并言其中隐藏着一个大秘密。
陈家洛游西湖之时，与自称东方耳的乾隆相识，后双方比武，乾隆被击败，恼羞成怒。陈家洛得空回老家祭扫父母之坟，却意外遇见在这里偷偷扫墓的乾隆，双方约定互不伤害。陈家洛从文泰来处得知乾隆是自己的亲哥哥，物证在陈家洛的师父天池怪侠那里之时，张召重返回，二人出奇不意，点中穴位，将其击倒，文泰来遂假扮张召重而出，被李可秀识破，陈家洛只好独身而返。陈家洛等借花船点状元之机，设计使名妓玉如意将乾隆引至家中捉住，囚在六和塔中，软硬兼施，情威并用，与乾隆一同订下驱清复明的大计。只有赶来刺杀乾隆的天山双鹰夫妻二人决不相信皇帝，不参加盟誓。
为反清复明，众人四散联络人手。余鱼同为避李沅坐船独行，遇上关东三魔及仇人言伯干等，几次遇险，仗机警逃出，亏得李沅芷假扮他引开众人，才得脱险。陈家洛为送信，单骑匹马赶往西疆，途中遇见人称香香公主未知是霍青桐之妹，为其美丽所吸引，香香公主也爱上了陈家洛。
霍青桐识破清军阴谋，大败清军。胜后，霍青桐带病出走，途遇关东三魔，险遭污辱，幸得师父天山双鹰赶到救出。陈家洛此时方知李沅芷女扮男装，后悔自己辜负了霍青桐的一片芳心，与香香公主一同追赶，途中先后遇见狼群和张召重、关东三鹰、霍青桐，众人为抗恶狼暂时联手。陈家洛用霍青桐赠送他的短剑杀狼时，碰巧解开了其中的秘密，遂和霍青桐、香香公主逃出狼群，躲入迷城古洞，并得了一套奇高的武功。
电视剧书剑恩仇录剧照
陈家洛师父袁士霄为消灭群狼，设置一土城，用牛、马等将狼群引入城中。陈家洛用新学武功打败张召重，将其投入狼群之中。其间余鱼同得知师父马真被张召重所害，脱下袈裟誓为师父报仇，李沅芷借其报仇心切，设计陆菲青从中撮合，二人终于订下终身。
陈家洛从师父处取得有关乾隆身世的秘证，南下福建少林寺，欲了解义父被逐出少林的原因，经过连场比试，凭借武功与机智，弄清了全部事实真相。
香香公主被擒，乾隆欲据为已有，陈家洛与乾隆相见，以国家利益为重，答应帮助劝说香香公主;香香公主含泪答应了陈家洛，后发现乾隆并不真想反清复明，遂自杀示警，陈家洛伤心之余，抱着最后一线希望进入皇宫，险被毒死。众英雄大开杀戒，天山双鹰与红花会十当家章进身亡，最后捉住乾隆。
霍青桐正欲杀之为父、兄、妹及族人报仇时，安徽巡抚方有德突然抱婴儿出现。原来他与侍卫火烧福建少林寺抢得周绮之子来京向乾隆报功。他以婴儿性命相威胁，众人不忍见婴儿死于非命，遂放弃杀乾隆之念，活捉乾隆之私生子福康安出宫，迫使乾隆不与红花会为难。众人赶至香香公主之坟，打开后只见一滩碧血，香香公主的尸体已化作一缕香魂，陈家洛挥毫题上《香冢》诗词，并作铭后凄然而去，与红花会众英雄前往西疆栖身。
