深呼吸剧情讲述了肖秀萌的家人因水污染相继患病死去，她不顾一切搜集证据为家人讨说法的故事。
稀水市极风药厂，因拖欠医药费被48位职工控告。开庭当日，47位原告突然撤诉，律师吴晓霜将最后希望寄予下岗职工肖秀萌。然而，肖秀萌却与尤二勇发生冲突，尤二勇倒地暴死，肖秀萌被公安局拘留。市中心医院的脑外科主任孟子凡主持了尤二勇的解剖工作，鉴定为脑动脉瘤突然破裂死亡。巧合的是，肖秀萌的邻居也突然因脑动脉瘤撒手人寰。药厂厂长李洪刚以重金息事宁人，而这一系列不合常规的举动，使吴晓霜与记者周飞扬意识到事件的背后定有隐情。
肖秀萌收养了邻居的遗孤冬冬，而此时肖父又患上怪病，肖家生活极其困难，孟子凡主动帮助肖家。肖秀萌感激之余，却没想到孟子凡的丈夫雷思成，竟然是自己曾经的恋人。现在，雷思成是年轻有为的市长，拥有优雅的妻子，生活幸福美满;肖秀萌却惨遭命运的磨难，父亲患病死去，爱女病危。
深呼吸剧照
经众人多方查证，原来祸根就源于雷思成一手扶植的市支柱产业极风药厂肆意偷排污水。为剥开药厂的层层谎言，雷思成和肖秀萌招来众人的误会、药厂的蓄意报复。李洪刚又收买尤大勇，对尤二勇暴死事件翻案，并说服孟子凡将尤二勇的病理标本偷换。眼看李洪刚奸计得逞，雷思成将收集到犯罪证据交给法院。
孟子凡终于意识到自己的行为不仅帮不了丈夫，反而使事态更为严峻，但是她的悔悟已晚。肖秀萌在一次次磨难中涅槃重生，从个人亲情成为众多受害者的代言人，走上法庭的原告席。最终，法律还给众人公正，稀水市又恢复了一片洁净的蓝天。
