吴明泰得知世界化学年会因抵制德国改为慕尼黑复会的消息时，他再次振作起来，拿起手中的笔。
中川洋子逃回北平，逼迫着化学家张琴前往关东军化学部队，一心寻死的张琴被吴明安救下却被日军押往军营。
而昆明的小镇上，军统倾巢出动，向舒立娟扑来，当吴明泰、舒立娟被保护他们的老僧藏进山洞时，洞外军统的子弹却射向众僧，忍无可忍的吴明泰冲出山洞，不料，舒立娟却用身体挡住了他冲出洞外，然而，就在她企图把军统引开时，而吴明泰却倒在血泊中。
几条黑影蹬上了峭壁，胡思良的小分队星夜赶到，然而，当他们冲进寺庙时看到的只是奄奄一息的吴明泰，胡思良明白，军统抢在前面抓走了舒立娟并夺去了吴明泰重要的手稿。情况危急，齐远背起吴明泰设法急救，胡思良等人向军统逃走的方向追去。
果然，葛站长以点燃吴明泰的手稿威胁舒立娟，她只能“顺从”接受审讯。猛然，一支枪逼住了丁青山，胡思良等人闪电般的闯进，迅雷不及掩耳制服了军统人员。然而，当舒立娟毅然独自前往意大利揭露日军罪行时，却流淌着泪水迟迟不肯离去，她唯一惦念的仍是吴明泰。
北平，吴明安忍气吞声的应付着铃木，谁料，日本人却肆意欺辱着华夏学人，田教授奋起反抗，却被日军官当众击毙，文教授上前相救却被日军侮辱，师生们再也无法忍受日军禽兽般的行径，集体抗议却被抓入牢房。吴明安痛骂日军，铃木却“悲痛”地告知张琴已死在关东军，吴明安崩溃了，然而，铃木却强令他娶另一个日本女子山美惠子。
晴天霹雳的“喜讯”令吴文举勃然大怒，抄起家伙向吴明安奔去。
吴明安的婚礼，金学恭所谓祝贺的喊声未落，吴文举冲了进来，撕心裂肺的痛骂声，激怒了日军，中川洋子与吉二爷大打出手，而吴明安却跪倒在地上，恳求吴文举快快离去。
吴明泰终于醒了过来，当他睁开双眼的时候，眼前竟是自己的儿子纪鸣，泪水还未流尽，吴明泰却愤恨的惊呆了，吴明安竟然娶了一个日本女人，这不仅是吴家的耻辱，更可怕的是从此将失去学人的信任。谁料，尚文井、陈敬庄却冒险来探望他，吴明泰扑了上去，几位泰斗的心紧紧地连在了一起。
北平的吴明安在街上忍受着同胞的痛骂，回到家中他把全部的怨气发泄在“妻子”身上，无论山美惠子怎样的“关照”他，吴明安却挥动着手臂狠狠地向“妻子”打去。
云岭大学，师生们艰苦度日，舒立凡却把心思放在追求尚文井妻子余冬蔓身上，陈旧的教室他不管不问，破落的宿舍又因暴风雨袭击而倒塌，三名学生因此而丧生。
意大利，舒立娟不负重托，吴明泰的论文在化学年会获得最高殊荣，消息传来，国人震惊，破碎的中国唯有学人扬眉吐气，舒立娟满含热泪，踏向投入吴明泰怀抱的征程。
重庆，苏从恩痛斥着国防部官员，撤消了要对胡思良等人枪决的命令。
而在北平，铃木因“东方文化战略”失利，被大本营解职，中川洋子跪拜在铃木面前，请求宽恕她的失败，谁料，铃木不顾一切地向东京使者申诉着，恳求天皇最后再给他一次实施“秘密武器”的机会。
终于，阴险的铃木开始实施他的“A计划”，向中川洋子下达抓捕吴明泰协助关东军秘密使用化学武器的指令。
特高课向昆明扑去，国民政府急令寻找吴明泰，舒立凡接到苏从恩寻找吴明泰的指令却大惊失色，失落与恐惧一起向他袭来，谁料，当中川洋子来到他面前时，他竟然找到吴明泰，然而，赶来营救吴明泰的葛站长却突然站在了面前。
吴明泰被军统接走，中川洋子直奔吴明泰方向追去，顿时，客栈的军统与特高课一场激战打响。葛站长奋力搏杀，迎面却飞来一颗罪恶的子弹，他怔怔地望着，开枪者竟是军统唯一幸存者丁青山。
中川洋子抓到了吴明泰，胡思良却率队袭来，救出了老师。
舒立娟归来，却被“押解”到苏从恩面前，苏从恩神情庄严告知她擅离职守必须接受最严厉的制裁。猛然，电话响起，蒋夫人命令他给予舒立娟最严厉的制裁竟然是立即回到夫人身边。
京华云大，师生们热泪盈眶，吴明泰终于回到他日思夜想的校园，掌声、唤呼声与泪水交织在一起，吴明泰与学人们相互倾诉着，紧紧地拥抱。
舒立凡却又百般的阻挠妹妹爱上吴明泰。
令吴明泰想不到的是当他应总统邀请来到重庆时，在众人的欢呼中，一位漂亮的女子含情脉脉地向他走来，吴明泰惊呆了，她正是舒立娟。
经历了生死而相依的舒立娟，终于向吴明泰表达了内心的情感，吴明泰满含热泪与她订下婚约，而北平的铃木此时却处在极度的恐惧之中，他知道，如果吴明泰取得中国政府的信任，将对日军A计划构成最大的威胁，铃木与龟田密谋着，发出了“绝密电报”。 军统截获并破译了日军的秘密电文，苏从恩不相信电报内容，然而，他只能奉命告知舒立娟立即取消婚约，远离吴明泰。舒立娟痛苦万分，决意替吴明泰洗清冤屈，谁料，丁青山却一口咬定，中川洋子与吴明泰有“同床共忱”之情。
舒立凡闻风赶到重庆，恳求妹妹替自己求情担任校长并告诫舒立娟迅速离开吴明泰。谁料，却被舒立娟痛斥，轰出房门。正当他“天无明日”之时，却恰遇恩师黄森，顿时，在黄森的蛊惑下，舒立凡奔波在政府要员身边。然而，当他来到吴明泰面前，勒令不准再接近舒立娟半步时，却被吴明泰批驳得哑口无言。
