黄义天两手空空回到戏园交差，面对着神秘上司公公的责问，手下兄弟的疑惑，他实在难以面对。其实神秘上司就是端王爷，于是他威逼黄义天杀了牛妞，用她的血来证明自己的清白。跟踪黄天义而至的包道德带兵把戏园围了一个水泄不通。康熙来到戏院再次巧遇牛德章，面对面的交谈，康熙坚信牛德章其实就是自己的父亲顺治。茫然不知的牛妞也来到戏院，黄天义为保她的安危，于是就和端王爷大打出手。结果他被淬毒的飞镖射中，勉强逃出了戏院。但是却因毒发伤重黄天义昏迷倒地，被守候一旁求功心切的包道德拣了一个便宜。刑场上，牛妞毅然不顾个人安危，以黄天义夫人身份出现。康熙感叹两人的真情实意，收回立斩成命，把两人暂押收监。
谭振英来到大牢，与牛德章促膝而谈，证实了牛的真实身份。因为黄天义昏迷中的一番话，大内总管曲冀斐成了内奸的怀疑对象。康熙虽心存疑虑，但还是命曲冀斐到谭宅自行软禁。却未想，一群神秘杀手再次出现，把曲冀斐绑架而去。康熙来到端王府，端德巧语诬赖谭振英，引起了康熙心中的疑惑。谭振英通过牛德章之口得知端德竟是多尔滚的孙子，从而产生了对他的怀疑。哪知端王爷捷足先登，他一早就布下了局。他带着康熙来到谭宅一番搜查，不仅发现已经双目失明的小玉，而且还找到了一把天地会军师的令旗。面对此谭振英是有口难辩，端德更是步步进逼，使康熙对于牛德章也产生了怀疑。康熙为了救治谭小玉的眼睛，连夜策马三百里，并且割腕滴血为药。谭振英面对一切，觉得心灰意冷，决定，收拾行李，返回老家归隐田林。
谭振英还没踏上归途，又再次遇到了欺压良善的苟六。面对那般骄横跋扈的模样，使谭振英心中又重燃起了奋斗的火焰。端王爷把曲冀斐放出，想使让他回到康熙身边扰乱他的心志。牛德章坚持要让黄天义和牛妞完婚。谭振英则借此机会，偷天换日，用自己和小玉把黄、牛两人换出，并且一力将所有责任承担下来。康熙震怒之下宣令将其则日午时三刻即斩。刑场之上，谭小玉苦苦恳求康熙放其兄长一命，但是康熙心存国法不循私情。就在危急时刻，黄义天飞身而出，仗剑救下谭振英。曲冀斐为救康熙与黄天义一番激斗，两人同归于尽。康熙和顺治两人父子相认，并喝下端王爷掺入剧毒的酒。端王爷看着毒发的顺治父子，得意之下原形毕露。哪知一切都是谭振英布下的局，端王爷眼看大势已去，胁持了牛妞，以图逃脱。哪知牛妞自求一死，悲愤之下黄天义将端德罪恶之身了结。顺治感怀一切，毅然出家五台山。从此，大清帝国只有康熙大帝。
青天衙门第二单元《血手印》
深更半夜，知府衙门口，有人击鼓棺内，谭公准备升堂却没有人，鼓上留有血迹，顺着血迹来到了义庄，发现了一副棺材，便与包道德使尽浑身解数打开棺材，最后谭公用香祭出棺木，在那里发现一具女尸(即梅娘)，双手紧抱着一个初生的婴儿。谭公突然惊叫，原来是一个梦。次日一早，谭公正准备给江夫人拜寿，一脚才跨入轿中，目光一震，一把短刀正对准着他的咽喉。轿中坐着正是怀抱婴儿的常三郎，一脸紧张的威胁着谭公。当三郎被发现时，谭公却帮他解围。道德在江家花园里撞见梅娘，意识到自己的寿礼被掉包，换成了一个写着冤字的条幅。谭公发现梦中女尸面容正是梅娘，并偶然发现梅娘袖口的血手印，心中疑窦大生。谭公帮梅娘母子相见，但是却遍寻常三朗不至。
三郎渐渐苏醒了过来，发现自己的手，染满了鲜血，他百口莫辩，按律当处斩立决!谭公取出染着血手印的布条，告诉三郎孩子就在自己家中，此时三郎感激万分，说起当时与梅娘还未出生指腹为婚的情景。之后，由于三郎父亲被罢官，梅娘之父不承认指腹为婚，为攀附权贵与江少爷定亲，并得到皇上赐婚。三郎被两名解差押着，走在大街上。忽闻喜乐声，江盛穿着新郎服，护送着大花轿，梅娘坐在轿中。梅娘冲下花轿与三朗相见，最终两人被拉开，两人亦痛断肝肠，梅娘正欲自我了结，被三郎即时阻止。谭公将小宝带入大牢交给三郎，道德告诉谭公线索是由一名叫苟六的人提供的。一日苟六正在茶楼中喝茶，调戏一名卖唱少女被谭公撞个正着，于是谭公戏弄惩罚苟六。他说出了是江夫人提供了三郎躲在义庄的消息。正在谭公认为常三郎这个案子疑点太多了，不能贸然将他斩首时，刑部送来的八百里加急文书，要求立即将常三郎斩首。
谭振英装病暂缓了一下，但是曲公公执意逼着谭公不可违抗圣旨。并帮着验明常三朗的正身，准备斩立绝。谭振英拖延时间，终于等到梅娘前来击鼓鸣冤。梅娘说出常家血案现场有“明月”两字，而这正是江老妇夫人名字。谭振英不顾劝解，毅然传唤江老夫人。但是江府大门紧闭，对谭振英毫不理会。谭公命人推来大炮一门，结果江老妇人没有出现，赫然走出江府大门的竟是康熙。康熙帝与谭公谈论起江夫人作自己奶娘时，对自己的疼爱。一次生病若非奶娘及时送医，自己就救不活了，因而如同亲娘。谭公直言是皇上拆散了三朗与梅娘这对有情人。江盛借着金牌到知府衙门探望梅娘。谭小玉用御赐宝剑阻挠江盛和苟六，但江盛依然进屋寻找梅娘，江盛一脸坚决，小玉终于动容了。
