盖振海闯入民居，恰好的巴音的新家。盖振海让巴音去找杨维忠，通告自己的情况。乔长军心急韩冰，也内疚自己带出来的罗明传播了病毒，杨维忠在安慰他，要他坚持别放弃。巴音没有去找杨维忠，却首先去见了叶栀，叶栀已经提前控制了巴音。
但实际是巴音已经告诉了盖振海他和叶栀之间的关系，他要盖振海去剧院等候，他会把叶栀骗到那里，然后让盖振海杀了她。叶栀绑起了巴音，等盖振海现身。巴音唱起了盖振海常唱的蒙古民谣，叶栀的心神被扰乱了，她其实也不想过这种天天杀人的生活，渴望像妹妹一样过正常的日子。
叶栀忽然歇斯底里起来，她咆哮着将巴音吊了起来，盖振海开枪，叶栀倒下了。盖振海救下巴音，两个人正在拥抱庆贺，叶栀突然睁开眼睛举枪瞄准，巴音冲过去挡住了子弹，盖振海击毙了叶栀。博士炸毁了实验室准备逃跑，阿根追上了他。他最终杀死了博士。
盖振海见到了杨维忠，将人体炸弹和目标的情报提供给了杨维忠，盖振海担心海伦的安全，乔长军和他一起回去了。根据盖振海的情报，少年人体炸弹一一被擒，盖振海和乔长军带部队包围了地下世界，约瑟夫早有准备，率队激战并炸毁了洞穴。
但乔长军识破了约瑟夫的埋伏，不久，解放军发起冲锋，乔长军抓住了约瑟夫。乔长军怀疑约瑟夫不是教主，杨维忠审讯约瑟夫，约瑟夫威胁说病毒会扩散的，杨维忠很蔑视。
约瑟夫威胁杨维忠得不得解毒的药物。杨维忠得出结论这人不是教主，但可以利用。杨维忠解除了对林亚夫的调查，让他去对付约瑟夫。林亚夫几个回合就占了上风，他假装要给约瑟夫也注射病毒，威胁他说出解药。
约瑟夫被吓坏了，说出了实情，他不了解解药的事，也一直没有什么解药，抗病毒的事情只能去找阿根。约瑟夫说他也不是教主，也从来没见过教主，他只是个流亡的白俄罗斯贵族。约瑟夫已经炸毁了地下世界的出口，阿根藏在地下，而所有人根本进不去。乔长军问是否有别的入口，约瑟夫说教主曾经告诉过叶栀。乔长军想起叶栀留下的一个刺绣手绢，上面有特殊的图案，手绢在盖振海手里。
顾可依破解了手绢的秘密，那是地下世界的另一个出口，乔长军带队去抓教主，他把韩冰托付给杨维忠，杨维忠命令他一定要活着回来。阿根已经四面楚歌，犹如惊弓之鸟。
解放军攻进了地下巢穴，但没有抓住教主，盖振海也没有看见海伦。乔长军把全体俘虏集中到大厅，喝令教主现身。突然，一面石墙轰隆隆打开，一个穿着教主服装的人出来，却是海伦。盖振海无法相信这一切，他和海伦紧紧拥抱在一起。藏在俘虏堆里的阿根突然拉动一个开关，高喊说自己就是教主，这里有一千公斤炸药就要爆炸，大家会同归于尽。这时海伦说出了导火线的位置，盖振海扑了过去，导火线被阻断了。教主势力被清除了，乔长军凯旋，陈法音和林亚夫、顾可依等抓住了崔洪斌，内部的最后一个毒瘤也清除了。
乔长军的血液里含有天然的抗体，可以用来对付病毒。敌人在海伦的身体里注射了病毒，海伦被送进了医院，盖振海一直在陪伴她。乔长军也在医院，他在昏迷的韩冰病床前祈祷她尽快醒来，绝不再分开。186次列车安全返航，开往北京。(全剧终)
