由于父亲的死，穆延昭心灰意冷，写下辞呈，待此次谈判保卫任务结束之后就带母亲回杭州宁江老家。
会议召开当天，穆延昭现场查看后为会场危险的位置以及松懈的保卫忧心。
果然不出所料，就在会议即将召开之时，一股冷箭击碎窗户，谈判团首受袭身亡!
况北云因感念穆延昭放他一马，所以特地埋伏在谈判会场外协助保全。当嫌疑犯逃窜之时，况北云施展轻功飞快追上与黑影缠斗，不料罗小翘忽然出现搅局，黑影逃脱……
凶案发生后，日方震怒，要求北洋政府彻查真凶。
而就在杜楷芝责权穆延昭负责此案之时，袭击者楚元竟自投罗网，对杀害团首一事供认不讳。
面对这个溥俊忠仆平静的供述，穆延昭感到此案一定隐藏着另一个答案。
在重新整理线索并严密推理后，穆延昭得知真相——楚元因溥俊受人胁迫而成替罪羊，真正的凶手是那个不动声色，站在团首身边的翻译官早田诚!
就在穆延昭赶去监狱重新提审楚元之时，袁世凯因日方施压，当夜即下令将“凶手”楚元正法。
罗小翘真实身份其实是楚元胞妹，同为溥俊仆从并受命潜伏于况北云身边监视其行动，后不知不觉对他生了感情。当她得知楚元自首被杀后，悲痛难抑。而心怀愤恨的溥俊告诉她“你的仇人是穆延昭。”
袁世凯签署《二十一条》，举国震惊，民愤沸腾。
在街头发放抗议传单的沈昭媛被军警逮捕关押。穆延昭闻讯后急忙向杜楷芝求情，并让沈昭媛签署认罪书以得释放。不料沈昭媛面对穆延昭这番做法反而大为失望，痛斥他麻木不仁为北洋之走狗!穆延昭被沈昭媛一席话惊醒，自觉惭愧，放走了沈昭媛。此事令穆延昭失去探长之职。他决定与穆母一道送父亲的灵枢返回家乡杭州宁江县。临走前，穆延昭希望再见沈昭媛一面。
此时有家归不得的沈昭媛无意间遇到大学学长柴斐。柴斐见沈昭媛处境危险，诚邀她随自己到宁江家中躲避风头。沈昭媛临走前，决定见穆延昭一面。
熙熙攘攘的街道上，两人却擦身而过，未得相见••••••
一年后，杭州宁江县。
穆延昭任职警局探长，他脱去刚回国时带着的自负，变得更加成熟，尽管世事纷乱，他仍坚持扬善惩恶之志。在难得的闲暇之余，他则会拿着与沈昭媛的合照默默想念。一向明哲保身的警局局长阮孟诚对穆延昭赞赏有加，却暗示他在如此乱世之中不必如此拼命。
穆延昭在档案室无意间发现一年前旧案，以小女孩擦枪走火意外死亡为结案的案件证据中却有着明显的疏漏和破绽。他决定重开此案，率人到案发地重新勘查后，以现场留下的痕迹来看，小女孩并非因玩耍而擦枪走火，而是被人用****残忍射杀!
穆延昭登门拜访小女孩母亲潘露。潘露已再嫁市长秘书章仲祺为妻，提起旧事泣不成声。经过鉴定子弹与讯问潘露，穆延昭确认章仲祺有重大杀人嫌疑，立即传唤!但是，尽管章仲祺自持身份了得嚣张跋扈，愤怒的穆延昭却不得不承认他确实有着真实的不在场证明。此时章仲祺指证潘露当年为嫁他而对女儿动了杀心，她才是真正凶手!而潘露面对证据证词情绪崩溃，承认罪行。
然而，就在极刑判决下达时，身在牢狱中的潘露忽然大声喊冤，称当年枪杀女儿、现在认罪都是受了章仲祺的教唆和指使，章仲祺因外头有了新欢而意欲除掉她。见到潘露提供的证据，穆延昭意识到残忍的潘露背后，其实是更为冷血的主使者章仲祺。然而阮孟诚对章仲祺礼遇有加着意讨好，更以证据不足驳回穆延昭的逮捕请求。
此时，况北云与罗小翘来到宁江县界碑。况北云打开一封信：戊戌血案，何日了结——柴晋。况北云说：这里，是我的家。
宁江漕运霸主柴家管家季如风带着柴晋口信来到警局，请阮孟诚和穆延昭到柴家别墅彻查匿名恐吓信一事。穆延昭见到季如风大吃一惊，此人竟与早田诚长得一模一样!然而几番询问，季如风的身世却滴水不漏。
