李昰应无奈上疏惩治天主教徒，左相出言讥讽。官兵张贴出英莱和神父的画像，欲抓捕两位;陈赫欲营救英莱，两人发生争执。景卓拜见父亲，左相再次吩咐景卓要盯紧李昰应等人的动静。陈赫找许医员帮忙，将英莱和神父以“尸体”为名护送出城。李昰应与英徽、景卓商议，决定从李校理手中得到大妃与左相签订的誓约书。陈赫想着历史，决定无论如何要阻止半岛战争;
在等待英莱的时候，陈赫偶然碰到一个叫陈顺英的小朋友，与其玩耍之际却突然产生触电的奇怪感觉。通过景卓告密，左相众人知道李昰应在打誓约书的主意。李昰应借故探访李校理，向他打听誓约书的事情，李校理假言搪塞。神父欲前往清国带来舰队拯救被捕的朝鲜天主教徒，英莱阻止，陈赫却表示无可奈何。深夜，周八等人扮作盗贼潜进李校理家假意偷取誓约书;左相猜测李昰应已得到誓约书而十分气愤，景卓誓死保护父亲。
得到英莱指点，陈赫再次找到李昰应，以阻止战争为名说服他，并同时提出可提前实施户布制以稳定民心。陈赫引领李昰应来见神父，景卓派人尾随而至;最终李昰应与神父达成一致意见，并决定马上释放所有天主教徒。景卓利用英徽得知李昰应与神父见面的消息。经过盗窃一事，李校理决定将誓约书交给李昰应。景卓亲自追捕神父，成功抢到李昰应与神父签订的盟书。陈顺英因捡陈赫送给他的纸飞机而受伤，陈赫在救治孩子的时候又产生出奇怪的触电感觉;更在即将为他缝合伤口之时出现身体逐渐消失的状况。
左相拿着李昰应的把柄要挟他，李昰应被迫就范;英徽开始怀疑景卓为间谍。英莱感到陈赫与陈顺英之间有莫名的关联。陈赫察觉出美娜与英莱之间的联系，遂找到春红并质问她为何要欺骗自己。
许医员告诉陈赫，英莱又被抓捕。李昰应与左相秘密会面，李昰应请求左相务必保住命福的王位。景卓发现自己抓捕到的竟然是英莱。陈赫质问李昰应毁约的原因，李昰应却表示自己即将退出政坛，陈赫惊愕。
陈赫鼓励李昰应与左相继续斗争，李昰应为了命福却做好隐退的决心。左相决定将李昰应与神父签订的盟书交由户曹保管。李昰应召集剧情介绍的酒宴上，仅有周八、李校理、春红几人，李昰应却不以为然，决定与众人痛饮。英徽来探望狱中的妹妹，并劝说她弃教。景卓请求父亲释放天主教徒，左相不允，意欲严惩。陈赫来到酒宴上痛骂李昰应;春红想阻止陈赫对英莱的施救，陈赫却并不理睬。景卓按照陈赫的指引得知了历史的发展，有些错愕。陈赫苦苦劝说英莱弃教。
翌日，景卓护送李昰应与神父的盟书至户曹，途中遇到英徽等人的埋伏，景卓假意受伤帮助了英徽。金大钧亲自审问天主教徒，英莱最终仍选择守护教义，即将行刑之际终于接到释放教徒的圣旨。被释放的英莱向陈赫坦白她没有弃教，陈赫没有责怪英莱;英莱得知陈赫因为自己而改变了历史。景卓向左相请罪，并呈上书信给父亲。
朝堂上，因为释放天主教徒一事，李昰应与左相针锋相对;李昰应还顺势推进了户布制。左相开始怀疑景卓，金大钧主动请求负责调查。李昰应向陈赫讨教历史，陈赫不允。景卓给陈赫带来他写给李昰应的书信，陈赫惊讶。
左相假意请陈赫为自己检查身体，实则探问陈赫未来人的身份;前来拜见父亲的景卓看到陈赫有点诧异。陈赫拒绝向左相透露历史，左相派景卓找出神父。左相用天主教徒的性命作威胁，逼迫神父将军舰带至朝鲜。
周八发现神父出现在左相家，急忙向李昰应禀报;左相派景卓杀掉神父周围的随从，以逼迫神父带来战争。李昰应怀疑陈赫向左相道出朝鲜的命运，陈赫怅然离开。春红告知英莱真相，英莱向陈赫道歉并挽留他。陈赫收拾好包袱准备永远离开，春红阻拦无果却意外发现有人要劫杀陈赫。春红救下陈赫，并拼尽最后力气告诉陈赫美娜已死。
陈赫从春红口中得知未来世界的美娜已死，几近崩溃。众人参加了春红葬礼，李昰应暗自下定决心要为春红报仇。金大钧惩罚暗杀失败的手下，景卓碰巧撞到此幕，再次与金大钧发生争执。
陈赫独自来到河边想念着美娜，并不断反问自己为什么会来到古代朝鲜。想着美娜已逝，陈赫决定跳崖，英莱极力劝阻;陈赫被迫说出美娜出车祸的事情。朝廷上，众人商议江华岛战事。左相一党借战事故意生事，李昰应决定担负起所有责任。
左相等人商议绝不能让李昰应战胜，景卓十分不满。左相单独与景卓见面，向他询问战事的结果，景卓表示战争中李昰应一定会赢;左相遂决定要迅速夺回政权。回到内医院的陈赫和英莱知道了江华岛的战事，英莱决定亲自去说服神父，陈赫坚决反对。左相让景卓写一封假的书信以瞒骗李昰应，来达到劫持主上的目的，景卓欲不从，与父亲发生争执。景卓偷偷放下“书信”准备离开，却偶遇前来的英徽;两人再次谈到信任和背叛。
李昰应看到主上将被毒死的假告密书信，十分惊愕。英莱从许医员处得知美娜可能已经去世，顿时明白陈赫欲跳崖的原因。为确保主上安全，李昰应决定带命福到私邸住宿几天;左相派景卓劫持主上，景卓被迫应允。李昰应约见陈赫，向他问起命福的未来，陈赫表示命福一生平安，李昰应遂放下心来。
英莱向御医提请上前线，并拜托御医向内医院众人保密。深夜，景卓前来告诉李昰应自己的劫持计划，随后假装落入李昰应圈套而逃跑。空手而归的景卓向父亲承认是自己告密，左相不怒反喜，并集剧情介绍结私兵前来劫杀李昰应。周八、英徽带人将前来的左相、景卓等人团团围住，双方展开激烈交战。原来金大钧才是出卖父亲和兄弟的幕后黑手，他向李昰应要求要得到父亲的官位。
英徽带着不慎中箭的景卓来找陈赫医治，景卓因不想欠陈赫人情而拒绝治疗，无奈之下陈赫请英莱前来帮忙。李昰应带人冲进左相府邸，逼迫左相辞官。景卓请求与左相一起告老还乡，但左相最后仍选择自杀，景卓痛哭。李昰应决定亲自带兵上前线迎战法舰队。
陈赫为了英莱，决定与李昰应一同前往战场。英徽找到独自喝闷酒的景卓，劝说他与自己一同前往江华岛。看到决定随军参战的景卓，李昰应心中暗自佩服着他的大义。
城内，民众因断粮而哄抢着粮食。金大钧与法军队首领秘密联系，欲致李昰应兵败。景卓悄悄潜入军营欲刺杀李昰应，终被陈赫制服。补给船被炸，李昰应等人被迫决定使用声东击西来打败外国军队。陈赫说服景卓，两人共同前往城内传递军事情报。深夜潜入城内的景卓和陈赫被官兵当作奸细抓住，幸得英莱解救。陈赫要带走英莱避难，英莱说出自己的必死决心;陈赫无奈也决定留下。
翌日，李昰应与景卓里应外合攻击外国军队;无奈军备悬殊，城门被外军攻破。撤离的英莱为捡回陈赫丢失的戒指而折返，不幸遇到赶来的外军士兵;为救出被围困的英莱和陈赫，景卓身受重伤而死。随后，英莱中弹，她拒绝治疗欲放弃生命随景卓而去;陈赫却表示一定要救活她。李昰应等人终于击退法军，望着牺牲的景卓，英徽失声痛哭。陈赫强忍着头痛为英莱实施了手术;却不幸在取水的路上被逃跑的法军刺伤而堕入悬崖。
被救醒的陈赫已返回现代，他急忙敢来探望昏迷的美娜。陈赫与同事在天台聊天，恍然发现奇怪的肿瘤竟来自于自己脑中，同时，所有的人都认为他仅在现代消失了一天。美娜突然生命垂危，陈赫拼命救治终救回美娜;此时，古代的英莱也在手术后醒来。
陈赫在医院再次碰到穿越到现代的小春红。病愈后的陈赫翻查后得知，历史最终被改变。美娜醒来，陈赫激动地落泪。陈赫来到仁政殿，回忆着与李昰应在一起时的点点友谊，并祝福遥远的英莱可以找到属于自己的幸福。
陈赫拿出戒指向美娜求婚，两人甜蜜微笑。
