无玄公主医神吴夲堕入反间
天庭无玄公主举办生日宴会，众位神仙纷纷献上各种宝贝，希望能够打动无玄公主，但是最终打动公主的却是医神吴夲的一枝梨花。吴夲雀屏中选，成为了无玄公主的驸马。食神秦大悲被人陷害，精心烹制献给玉帝的龙肝成为了不能吃的木炭，吴夲为了帮助秦大悲品尝了一下，认为看上去像是木炭的东西实际上非常好吃，要玉帝尝试，结果触怒了玉帝，被打入了太上老君的炼丹炉里面，其实太上老君的用意也是为了维护吴夲。
瘟君带领大军入侵天界，打算夺取天庭，和托塔李天王展开激战。一片混乱之中食神和吴夲从炼丹炉里面逃了出来，发现无玄公主在天庭失踪了。吴夲被天庭的人误会要帮助瘟神破解了法阵，但是太上老君却认为吴夲另有用意。此时无玄公主忽然出现在法阵里面，以为吴夲是要帮助瘟君，吴夲连忙解释自己其实是为了对付瘟君。无玄公主的突然闯入让法阵出现了破绽，为了能够成功对付瘟君，无玄公主自愿被打落人间，成为凡人。法阵运行之时，吴夲也坠落人间。秦大悲为了找回无玄公主，自愿下凡去救公主。
瘟君的亲信青竹为了寻找瘟君也来到了人间，还顺便救了秦大悲。秦大悲来到街上，和女贼鲍大银擦肩而过。鲍大银其实就是无玄公主的转世。鲍大银不小心被马车撞上，吴夲出手相救。盖仲景和徒弟楚练来到了燕城，燕城此时瘟疫横行，两人奉了朝廷的命令前来救治。吴夲把鲍大银送到了医馆里面救治，没想到鲍大银的腿断了，治疗费用昂贵，鲍大银一口咬定是吴夲把自己撞到的，吴夲目瞪口呆。吴夲和鲍大银扭打到了公堂之上，吴夲拿不出赔偿的银子，被关押了起来。为了控制瘟疫，候将军奉命封城。
吴夲自荐治疗瘟疫
吴夲被关押在了县衙的前面，吴夲告诉鲍大银这个伤势十分容易治疗，随后治好了鲍大银，鲍大银十分惊奇。而此时秦大悲也在纠结着怎么才能够让吴夲和无玄公主重新变成神仙。盖仲景决定命令御林军封城，防止瘟疫传播，燕城知县屠远得知以后十分震惊。屠远找到了吴夲，要求对方帮自己送一封信，结果送信的马车刚出城门就被盖仲景给乱箭齐发，射的像个刺猬一样。屠远十分慌张，以为自己全城性命不保。
神医大道公前传剧照
吴夲面见了盖仲景，谴责对方不应该为了扑灭瘟疫，不尝试医疗而是直接打算封城杀死所有的百姓。吴夲愤怒不已，决定自己回城治疗百姓。吴夲对知县屠远毛遂自荐，表示自己医术不错，希望能够尝试治疗瘟疫，屠远半信半疑。青竹撒谎表示冰火元魂能够让吴夲和无玄公主变成神仙，秦大悲听信了以后信以为真，打算取出冰火元魄。吴夲用自己帮助屠远送的信作为威胁，要屠远同意自己来主持大局，并且索要了五百两银子，作为治疗的费用。虽然肉痛，屠远还是同意了。
鲍大银开心的在厨房里面做饭，可怜的吴夲成为了第一个试吃的对象，差点中毒身亡。师爷告诉知县屠远吴夲肯定是为了名利，他本身就是一个江湖骗子，不过是江湖郎中而已。鲍大银决定跟着吴夲学习医术，拜吴夲成为师父。但是实际上鲍大银却是看上了吴夲这个人，打算和对方交往。城中再次出现了瘟疫病死的患者，吴夲开始着急的调查病情。吴夲指出了知县家里挂的一幅画是假的，师爷力辩这是真的，随后吴夲给出了证据，师爷花了知县的八百两银子却买到一副假画，知县非常生气，痛骂师爷一顿，要师爷拿出八百两银子作为治疗的费用。
吴夲被诬陷入狱
瘟疫已经死了十几个人，吴夲从知县那里得知这些人已经火化，心中起了怀疑，决定要了这十几人的资料调查清楚。吴夲正在看户籍资料，此时鲍大银打算帮助对方做衣服，一直在旁边捣乱。吴夲和鲍大银贴的很紧，大夫谢万山还以为两个人在亲热。吴夲得知有病人疫情发作，当即决定前去看诊，没想到路上鲍大银的脚差点扭到，还打算和吴夲亲热，吴夲十分尴尬，连忙离开。吴夲诊治以后发现病人的病情并无大碍，随后施加针灸治疗。就在此时吴夲听到了锣响声，得知自己的房间着火了。
吴夲回到了房间，发现一切都烧成灰烬，户籍资料也失踪不见了。吴夲当即产生了怀疑，认为这场瘟疫很有可能是假的，死人的真正原因有可能是谋杀案。吴夲找到了知县屠远，告诉对方很有可能这是几个人都是因为中毒身亡的，这种毒药发作起来和瘟疫很像，并且只有眼睛不同。先前的十几个人都已经被火化了，只有刚刚死去的这个病人尸体还在。知县决定前去看看这具尸体，两个人来到停尸房，结果发现尸体不见了。知县当即展开了调查，偷尸体的人董豹被抓到，并且指认是吴夲指使自己去偷的尸体。
吴夲十分震惊，连忙辩解。但是知县糊涂异常，根本不相信吴夲的辩解，把吴夲给压入了大牢。鲍大银来到了牢房看望吴夲，吴夲给了鲍大银一瓶毒药，要求鲍大银想办法给董豹吃下去。知县发现董豹中毒十分着急，但是城中没有更好的大夫，屠远只能够找到了牢中的吴夲给董豹治疗。吴夲表示自己医治的时候不能够有其他人观看，否则会被毒血给溅到。吴夲趁着没人威胁董豹，如果不告诉自己真正的指使者是谁，自己就不给对方解毒。
吴夲揭穿瘟疫真相
从董豹的嘴里吴夲终于得到了指使者的真正名字。吴夲假意声称自己没有全部解开毒药，省的知县打算把自己给惩治了。秦大悲终于从山洞里面取出来了冰火元魄，打算把吴夲和无玄公主变成神仙。秦大悲劝告青竹最好还能皈依证道，但是青竹对此不屑一顾。秦大悲询问青竹为什么帮助自己，青竹笑而不语。吴夲来到了厨房里面，正好遇到了在这里吃东西的谢万山。吴夲故意告诉谢万山，自己下毒是下给了董豹，并且说自己这样子是为了陷害那个主使者，这样董豹就会以为是主使者给自己下毒，自己再出面救治董豹，董豹就会告诉自己主使者的名字了。
吴夲告诉谢万山，自己已经知道这场瘟疫就是谢万山做的手脚，特别是户籍被烧的事情，肯定和这十三个人的身世有关。原来在四十年前，十三太保追杀土匪来到了谢万山所在的村子里，但是没想到为了谎报军功，这十三个人屠杀了村子所有人，只有躲在草堆里的谢万山逃过一劫。谢万山由此发誓，自己一定为所有的乡亲报仇雪恨，过了四十年他才等到了这个机会。听到这里，吴夲感慨万千。谢万山表示自己虽然是为了报仇，但是毕竟杀死了人，自己愿意认罪，但是董豹只是帮助自己搬运尸体而已，并没有罪过。随后谢万山自己服下了毒药，打算自杀。
青竹用取出来的冰火元魄复活了瘟君，瘟君得意洋洋。吴夲找到了屠远，告诉屠远有两条道路，要么说出实情真相，屠远被降职，要么将计就计，表示这就是瘟疫，但是已经得到了治疗。思考再三，屠远决定隐瞒真相，上报朝廷，表示谢万山是因为抢救瘟疫，死在前线上。瘟君把秦大悲关在了筛子里面，并且前去燕城找到了无玄公主和吴夲。瘟君打算把无玄公主变成神仙，前去找太上老君询问方法。
