舟桥提前架设完毕，一名战士在架设过程中牺牲。拉着林海生妻子的救护车在舟桥前受阻，老市长恳求众人让出一条通道，把生命留给孩子和孕妇。
WK的研制到了最后的关键时刻，俞静等着李铭声给她传来最后一组数据。此时，李铭声也已经来到码头，准备登上巨鲨号。杨柳的父母一直不愿撤走，吴刚决定亲自去做说服工作。
在去往酒店的路上，劳累过度的吴刚出现幻觉，几乎无法控制方向盘，这时，罗晓的手搭在了他的手上。杨柳父母执意要了解杨柳的真实情况，吴刚无奈只好说出了杨柳牺牲的真相。
李铭声在码头被武警拦住，情急之下撒腿而逃，手机掉落。俞静终于说出了真相，然而，当她再与李铭声联系时，却没了消息，WK的研制被迫停了下来。
依然被困在库房里的丹丹和王小阳，从死去的歹徒身上，找到一个手机。罗爷爷对吴刚放弃寻找丹丹非常生气，然而吴刚却称为了大多数人的安危，他必须做出残酷的选择。
这时，吴刚的手机响了。听到丹丹的声音，吴刚大喜过望。拆爆依然没有进展。海田拉响了最后一次警报。直升机过来接WK的研制人员，不愿走的俞静也被架了上去。
随着爆炸时间的逼近，吴刚决定放弃拆爆，然而想到依然滞留在城市中的二十多万人，华专家不愿意放弃。钟平也不愿撤离，决心坚持到城市的最后一刻。
安全归来的丹丹哭着扑到在父亲的怀里，调皮的王小阳，却趁机钻进了拆爆车。见到电脑中的魔方，他忍不住动起手来。没想到奇迹发生，魔方之门居然打开了……
闻知地下弹药库的威胁解除，俞静要求返回实验室，继续完成WK的研制。众人正考虑对巨鲨号实行注水沉船，詹姆斯博士却提出反对，认为那样将对海洋造成无法挽救的破坏。
这时，终于登上了巨鲨号的李铭声将获得的一组数据交给了林海生。
吴刚为了打击犯罪团伙，避免大爆炸，表面上佯装答应罪犯的条件，暗地里组织人员想尽办法阻止大爆炸的发生。但是，祸不单行，一艘外籍货轮“巨鲨号”满装着危险物品因为违章行驶，船上的船员由于不小心引发了一场火灾，烧坏了货舱里的温控系统，使之货舱里的温度急剧升高，随时都有发生大爆炸的危险。
这时，吴刚的妻子赵玫在接受隔离审查的时候，突然跳楼自杀了。此时钟平的儿子钟磊无意中听了大爆炸的消息，并将其通过网络发送出去，顿时，整个城市，人心慌慌。万般无奈之下，整个城市拉响了大撤离的警报声。一场史无前历的全市大撤离开始了…… 研制出来的WK被送到了巨鲨号，经过试验，非常成功。
吴刚下令尽速配制巨鲨号所需要的十吨WK。正当吴刚心里稍稍松下一口气，钟平却又带来一个不好的消息，因为化学反应，HD-3的爆炸时间提前……为了最大限度的减低HD-3爆炸所产生的危害，吴刚决定听取詹姆斯博士的建议，封闭货舱，喷洒专用的化学试剂，并且将巨鲨号驶离港口最少三海里。
劳尔船长下达开船命令后，大副安德鲁因为恐惧，跳海逃走。这时，林海生出现在劳尔船长的身边林海生告诉劳尔，他是来赎罪的，他要为自己的过失付出代价。在离港口三海里的地方，巨鲨号在众人的注视之下爆炸望着依然如故的城市，直升机上的吴刚和钟平，心中生出一种无法说出的感觉……
