谢平定打算到乡里去告郑飞华。但是，把郑飞华当作大恩人的村民们在堵截谢平定的时候，失手将谢平定推了下山崖，谢平定死了。
就在白云峰发现了郑飞华的一些蛛丝马迹时，又一起新的盗剪电缆案发生了，作案者的手段更为狡猾……
为了掌握郑飞华的犯罪证据，白云峰与仇飞、章文等人来到了郑飞华的家乡，白云峰用计使郑飞华原形毕露。就在警方决定逮捕郑飞华的时候，他们却遭到了大批对郑飞华感恩戴德的村民的围攻。关键时刻，白云峰以及谢婶一番撼人心魄的话语，终于化解了村民们的怨气。郑飞华被逮捕归案了，村里那条修了半途的公路，也以另一种新的方式延续下去……
一个因贩毒被判处死刑的犯人在临刑前忽然说出了三年前参与过的一桩杀人案件，是忏悔，是想活命，还是想玩弄警方？
本着对生命高度负责的态度，白云峰坚持要将这个案子查清楚。
可经过艰难的查证，白云峰却发现，死囚提供的两名同案犯都已经分别死于吸毒和车祸。线索出现而后又断了。
可凭着白云峰的智慧，根据种种迹象分析，死囚的话并非虚言。
从其中一个同案犯的哥哥的嘴里，白云峰得知了那个死于车祸的人原来是畏罪自杀，白云峰更坚信，这个案子有追下去的必要。
经过艰难的努力，他们终于查到了一个与死者相似的失踪多年的人，可当他们前往那人的家中调查的时候，却得到了意外的结果，那人的母亲坚称自己的儿子并没有失踪，而且最近还回过家来。白云峰他们再一次失望而回。
白云峰决定从死囚提供的藏尸地点去查，可几年的时间，那里已经面目全非了……经过他们不懈的努力，藏尸的那间出租屋终于可以基本确定了。下一步就是开挖去证实了。可万一找不到，警方将要面对社会舆论的压力。
白云峰顶住了来自各方的压力，终于在那出租屋内挖出了死者的遗骸……
一桩尘封三年的迷案终于水落石出，一直不肯面对‘自己儿子已经死去’的母亲也终于放下了一块心头大石。
此时，某著名医学院的女博士生被害了，白云峰预感到这是一个更难啃的硬骨头。
医学院的博士生谢雨在自己的实验室里被人残忍地杀害了。谢雨的死在学院里成了一根导火线，学院里的种种问题一下全都被翻了上来……
贾志高忍受不了压力，企图自杀，白云峰发现，虽然贾志高不太可能是凶犯，但他一定与死者有着什么关联……
江水涛与一帮学生揪住校内的一些丑恶现象不放，并想通过为谢雨搞一次追思会来将事情闹大……
而这时，有嫌疑的秦天也突然失踪了……
白云峰的调查牵扯到了某些人的利益，于是不断有人上告，企图将专案组赶出学院。白云峰与战友们顶住压力，有理有利有节地与某些校领导周旋……
在调查中，白云峰意外地在死者谢雨的电脑里发现了贾志高的经济犯罪证据。但证据也显示，贾志高并非杀害谢雨的凶犯。
经过查证，涉嫌本案的其他人也都渐渐洗脱了他们各自的嫌疑：季铎畴与谢雨有着一段不伦之恋，但最终还是发乎情止乎礼；秦天也忏悔了自己曾经因为只顾自己的前途，抛弃了与谢雨的恋情，而与一权贵的女儿结合，这事让他悔恨终生。
白云峰并没有只将目光集中在学院内部这些复杂的人事关系中，而是循着一些蛛丝马迹拓开了视线……
白云峰和战友们在拨开学院内部的迷雾的同时，查出了这个案子的真正凶手——一个刚毕业的学生，白云峰在那个学生的身上，看到了一个丑恶而可悲的灵魂。
忙于破案的白云峰为无暇照顾病危的老母亲而愧疚万分，而偏偏此时他的得力助手忠叔又陷入一种困境。原来，忠叔在侦破一起制毒案时，有一个犯罪嫌疑人精神失控，坠楼死亡，忠叔因“过分使用武力”而遭到纪律部门的调查，并面临被开除警队的处分。
白云峰坚信忠叔是清白的，他凭着职业敏感，觉得这里面大有文章，决定展开调查。
没有其他线索，被捕的嫌疑人又死守口风，白云峰决定就在被捕的嫌疑人身上下功夫。他凭智慧一轮猛攻，让被捕的嫌疑人甘拜下风，案件也终于又了追查下去的线索。
与本案相关的犯罪嫌疑人吕倩夫妇从香港回来了，一入境，警方就将他们逮捕了。
而这时，白云峰的母亲的病越来越重，医生告诉他，已经到了医学都回天无力的地步了。白云峰的女友刘雯却打听到了医学院的方可明教授正在研究着对付这种病的新药……
就在这时，白云峰才知道忠叔为何如此痛恨制毒者。原来忠叔有个亲人因为吸毒，连累到了他们刚出生的婴儿。
白云峰做通了吕倩的思想工作，吕倩供出了与她接头提供毒品的上线。通过追查，警方抓到了这个上线陈伟建。
在陈伟建的家里，白云峰意外地发现了他的制毒窝竟然可以如此干净，原来他掌握着科技含量很高的新型制毒配方。
通过陈伟建，警方掌握了方可为与其弟弟某医学院教授方可明参与制毒的线索。
白云峰与方可明进行了正面的交锋。其间，他看到了一副可恶又可怜的嘴脸。方可明这个高级知识分子，因为自己良心这一无法逾越的坎，精神备受折磨，而同样是无法逾越的正义的法网，最后使他受到了审判。
这个惊天制毒案告破了，而白云峰的母亲也奇迹般地熬了过来。
