计雨棠在给台湾方面发电报时,被谭辛撞见,谭辛劝哥哥罢手。计雨棠和林南轩从电台中得知,陶大海即将来大陆。
林莹无意之中,发现了计雨棠藏身的密室,恐慌的她把这个情况报告给了叶大龙。外出回来的计雨棠,发现密室有人来过,狡猾的他藏身到了一艘渔船上。
为了监视谭辛,彭佩芝住到了林莹家。谭辛去密室,夜探计雨棠被彭佩芝捉了个正着。为了引计雨棠 出来,叶大龙放了被抓去审讯的谭辛,并将林莹 继续和谭辛生活在一起。
公安局截获了计雨棠发往台湾的信号,得知陶大海来大陆的情报,并得知林南轩为地下党,计雨棠要对其下毒手。叶大龙找到沈超,询问林南轩的下落,他告诉沈超林南轩有危险。
计雨棠寻找机会向林南轩下手,正当计雨棠准备向林南轩开枪时,被大宝发现,计雨棠慌忙逃窜,为保护林莹,秦家康被驾车逃跑的计雨棠撞倒。计雨棠与陶大海会面。沈超来打林南轩,被叶大龙跟踪。
沈超和林南轩商议计划时,叶大龙闯进。此时的叶大龙,对站在他面前的两位老共产党员产生了深深的敬意。
金姐有意撮合秦家康和林莹,但秦家康的病情越来越严重,他不想拖累林莹,他让林莹不要再来探望他。
深夜,重庆的上空空降了两个台湾兵,他们和陶大海、计雨棠 迅速取得了联系,准备实施毁灭重庆的计划。海外科学家严修良要来重庆,巴东公安局肩负着保卫工作。为了能出色地完成任务,黄副局长示意叶大龙去请教沈超。沈超和林南轩决定帮助叶大龙完成这次任务。
当严修良去参观南平小学时,严修良遇到了老同学金姐,并请金姐晚上去川剧院看戏。川剧院地形复杂,陶大海等人选定在此下手。
在沈超和林南轩等人的紧密布署之下,他们击毙了特务,出色地完成了这次保卫任务。
林莹在去医院探望秦家康时,听到了秦家康和大夫的谈话,她得知秦家康得了肺癌将不久于人世。秦家康告诉林莹,他为他以前的行为懊悔,他想有机会弥补过失,并告诉林莹他深爱着林莹已故的二姐,林莹十分感动。
为了迷惑台湾方面,重庆贴满了林南轩的通缉令。计雨棠带着谭辛逃生,可他失去了台湾方面的信任,已走投无路。
林莹被计雨棠绑架,在计雨棠的口中,林莹确定了父亲的真实身份,她为父亲自豪。叶大龙等人开始积极营救林莹。林莹被安全救出,而此时躲在岸上的计雨棠正欲向林莹开枪射击时,被彭佩芝发现,彭佩芝为保护林莹,不幸牺牲。
林莹在彭佩芝遗留下的项链中,发现了母亲的照片。
在沈超的帮助下,林南轩父女重逢,林南轩从林莹口中得知绣花鞋被谭辛修补过,他意识到鞋中可能藏着化学武器的地图,沈超迅速赶往吊脚楼去取绣花鞋,而此时,计雨棠也正在赶往吊脚楼。
当沈超从谭辛手中拿到了绣花鞋时,被藏在外面的计雨棠 开枪连打数枪,生命垂危。叶大龙赶到时,沈超的手中还死死的攥着绣花鞋。
悲痛的叶大龙迅速将沈超送往医院,可违时已晚,沈超牺牲了。林南轩闻知沈超的噩耗后,匆忙赶往医院。林南轩从沈超的手中取下了,众人都拿不下的绣花鞋。叶大龙他们在绣花鞋中发现了,藏有化学武器的地图,可地图上只画了八颗武器所藏的位置。
林南轩料定谭辛会回来取护照,他决定让林莹去劝说谭辛。
计雨棠派一个孩子给林南轩送信,他约林南轩在快雪堂见面,林南轩将这个消息通知了叶大龙。
林南轩和计雨棠会面后,林南轩劝计雨棠自首。
谭辛回来取护照,谭辛从林莹口中得知了计雨棠的想毁灭重庆的计划,在危急关头,谭辛赶到快雪堂劝说计雨棠自首。此时,林南轩在和计雨棠谈话中,已判断出第九颗炸弹藏在过去的秦记鞋店。叶大龙会意了林南轩的意思,成功地排除了第九枚炸弹。计雨棠自杀身亡。
林莹调到公安局工作,林莹、林南轩、叶大龙来到墓地看望已故的亲人朋友。