那支枪是特务的。因为天色已晚,只有肖克一人仍然紧追不舍,和大部队失去了联系,反而落在特务们的包围中,黄飞虎让龙飞当众人的面杀死肖克,龙飞艰难地举起枪将肖克一枪击倒在地,叶蕾听到枪声赶来,看到肖克已倒在了血泊中。黄飞虎等继续向山中行动,众人分散到特务村的各家各户安顿下来,白蔷与龙飞住在山中,龙飞神情恍惚。
肖克被叶蕾送到医院抢救,在医生的努力和叶蕾的看护下抢救过来,肖克接受上级任命,全力追缴特务组织,他发出的第一道命令就是通缉龙飞,龙飞由于失去朋友、妻子情绪很低落,和白蔷无端争吵了起来,失手打了白蔷。赵处长让大家认真总结一下这次行动失败的原因。
山中营地通过电台接到一个代号叫“吉祥”的人发来的命令,要求全体人员按兵不动,等待梅花图的出现,龙飞听到消息后更加着急,寻找机会下山求援,一番惊心动魄的洞穴历险,龙飞终于摸下了山,白蔷发现龙飞独自下山,没有通知手下便悄悄跟了下来。龙飞摸进城里后没想到到处都是通缉他的通缉令,于是撤到医院看肖克。
龙飞探望中枪在医院的肖克,叶蕾这时进来,用枪对准龙飞。龙飞反以叶蕾作人质才得以逃出。龙飞来到南云墓前,梅香出现,她告诉龙飞南云是她的姐姐,这时公安来搜捕龙飞,龙飞将南云和梅香的照片放在墓前。
梅香在小河边向龙飞讲起了白家三姐妹的事,南云是她的姐姐,叫白薇,她叫白蔷,她还有一个小妹妹叫白蕾。讲起她们小时候的事还有白家老宅以及他们身上的梅花,虽然是同父异母的姐姐却没见过几次面。
三号命令的二级行动是细菌战——鼠疫。黄飞虎对这种下九流的行动计划嗤之以鼻,拒不执行。他和龙飞被关。肖克的调查在进行,他们发现南云的真相,原来她不仅没有死,而且也是个特务。
南云用脱身法潜伏在尼姑庵。特务村鼠疫流行,有人还因此死亡。一时间人心惶惶。梅香来迎接黄飞虎和龙飞,他们三个商量哗变,取得了山寨的控制权。
三人再次约见神秘三号。肖克的会议在开着,根据了解的情况,范围缩小到梅山县是特务山寨。南云的特务身份进一步确定。肖克来到叶蕾家吃饭,叶蕾的爸爸叶枫和妈妈都非常殷情地款待他,肖克走了以后,爸爸开玩笑问她,你是不是和他谈恋爱了?叶蕾满脸通红地否认了。
肖克来到化验室,从化验的结果看,肖克吃惊发现庄美美眼里的微缩胶卷是被南云取走的。肖克一行人追到梅山镇,探寻特务的行踪。但不幸被特务们发现,叶蕾被特务抓走,龙飞被我公安抓住。
双方协商在河边交换叶蕾和龙飞,肖克听了一下子火冒三丈,立刻带上龙飞来到山里。这时候他才意识到,原来叶蕾在他的心里已经是那么重要。我公安已做好战斗准备,在人质交换后,大部队上山围剿特务将他们一网打尽,大部分特务被抓,只有龙飞、梅香和黄飞虎在逃。
龙飞跟着黄飞虎、梅香等四人来到山洞,龙飞趁大家睡觉时,下了他们的枪,龙飞明确告诉黄司令和梅香他是公安,梅香愤怒而去,黄司令被龙飞押着回到指挥部,肖克终于明白龙飞的立场,他向龙飞伸出了双手。部队押解黄飞虎回城,途中遇冷梅,黄司令中弹身亡。枪是梅香开的,梅香自己也受了伤。
梅香死在了他爱的人龙飞的怀里。龙飞回到公安局。三号是谁?梅花组织还没有彻底消灭,梅花组织的三级行动是刺杀我军重要将领,这个行动的危害最大。这时梅花组织找到了隐藏的南云,为了掩人耳目,南云杀了弱行尼姑,她开始行动了。肖克和龙飞也来找南云,但是他们来晚了一步。