患重病皇帝立储君 离济南齐王遭追杀
明朝万历年间，京城枯叶飘零，一片凋敝景象。此时，皇帝病重，然而立储之事悬而未决，满朝文武人心惶惶，从庙堂至江湖风波骤起。
皇帝刚刚病倒，皇后就和皇子的老师刘吉商量欲劝皇帝把他唯一的皇子立为储君。原来，皇后知道，刘吉仗着皇子老师的身份，在朝廷内结党营私，权倾朝野，皇后自然也知道刘吉和皇子一荣俱荣一损俱损。刘吉得到皇后的暗示后，立即让手下的官员门生上书劝谏皇帝立皇子为储君。皇帝知道，按照祖宗法制确实该立皇子为储君，奈何皇子体弱多病。重病之中的皇帝为了避免发生靖难悲剧，皇帝准备立自己的弟弟齐王朱见溢为储君，他密令齐王以探病为由从济南府出发，昼夜兼程赶到京师。
皇后和刘吉得知皇帝密令齐王进京，害怕皇帝会把储君之位传给齐王，让擅长射箭的锦衣卫百户方毅率众秘密拦截齐王于半途之中，最好能够杀之以绝后患。齐王朱见溢带着自己收养并养大的义女苏溢清以及许多跟着自己长大的孤儿从济南出发，二十余天屡遭神秘人物的追杀，他们死伤惨重。这一天，眼见即将进入通州逸仙庄，受过齐王恩惠的逸仙庄乔庄主表示会护送齐王进京。朱见溢劝说已经仁至义尽的手下别做无谓的牺牲，可以就此别过，苏溢清和与她青梅竹马的孙鑫自小在齐王府长大，他们重情重义拒绝当逃兵。齐王深为感动，准备和神秘追杀人拼个鱼死网破。这时，他们投宿人家的那位老态龙钟的长者解释敌人之所以能在浓浓重雾中射杀他们的原因在于他们所骑的传出的马蹄声，同时告诉他们，只有借助炮竹的爆炸声才能掩盖马蹄声。朱见溢怀疑这位乡下老者很是古怪，苏溢清调查得知，这位老者实际上是位年轻人，他昨天晚上才拉着一车炮竹来到这间房子。齐王审讯得知，此人是因为路见不平这才一直跟着自己，并多次提醒帮助自己。他们不知道，这位侠肝义胆的年轻人实际上是六扇门捕头，是六扇门统带申梓木的儿。齐王见此人毫无恶意，决定让大家听从这位年轻人的指挥，由孙鑫掩护撤离，自己则利用对地形熟悉的优势驾车把齐王和苏溢清带到安全的地方。明知无生还希望的孙鑫和追兵一直拼到最后一口气，流尽最后一滴血。方毅发现主要人物已经逃离，气急败坏一把火烧了山庄，同时告知刘吉行动失败，准备在下一站除尽齐王及其党羽。
齐王暂时摆脱追兵，赶到逸仙庄，喘息未定，追兵又至。眼见硬拼不行，申力行让乔庄主把庄上十余辆马车一时冲出，扰乱敌人视线，让齐王借机逃走。方毅果然上当，他让人紧跟每一辆马车，一时箭飞如雨。苏溢清驾车狂奔，敌人却越来越近，申力行让苏溢清上马，自己也从车里一跃而起，和苏溢清同乘一匹马加速逃离。在那男女授受不亲的时代，申力行紧紧抱住苏溢清的细腰。奈何方毅骏马急速，不久就追上申力行和苏溢清。方毅把二人吊在悬崖边的树上，讯问齐王的下落。申力行识破了方毅的身份和杀人目的，方毅见势不妙，急忙令手下追赶齐王。眼见苏溢清即将坠落山崖，申力行赶忙抓住绳索，就在即将成功之时，一支冷箭把二人同时射落山崖。
电视剧六扇门剧照
这边，成功逃脱的齐王一路狂奔，饥肠辘辘，头晕眼花。追踪而至的方毅等人惊飞了乌鸦，齐王刚刚调转马头，就被方毅追上。就在齐王危机时刻，受皇帝圣旨在此迎接的司礼监首领太监赵无极率领东厂力量及时赶到，方毅等人无奈只得匆匆撤离。
历尽种种凶险，齐王终于进到京师，见到皇帝。
刘首辅杀人灭口 申力行劫后余生
赵无极向皇上禀明了齐王在路上遭人刺杀的事，皇帝因此震怒，责令赵无极追查此事。赵无极送齐王前往皇上赐予齐王的潜龙邸，在路上，齐王希望赵无极能帮助自己找到自己的侍女苏溢清。赵无极一口应下。刘吉和皇后得知皇帝已经知道此事并决心追查，顿时阵脚大乱，因为一旦皇上知道他们是追杀齐王的幕后主使，那刘吉和皇后都将人头不保。此时此刻，皇后和刘吉也只得采取息事宁人的策略，他们决定先清除自己的作案痕迹，稳住齐王，避免多生事端。
通州临河村，摔下山崖的申力行和苏溢清并未死去，而是被路过的村民搭救。苏溢清醒来之后便立刻要前往京城。受了箭伤的申力行则被送到父亲故交的医馆疗伤。此时，处理善后事宜的方毅来到了通州，四处追查申、苏二人下落，刚刚从村民家中出来的苏溢清被他们发现了，正当苏溢清束手无策，即将被抓的时候，受赵无极指派的东厂特务来到把她救下。而申力行就没有如此幸运，方毅到医馆查找无果，恼羞成怒，防火烧了医馆，申力行和父亲的那位故交躲到地下室强行撑过烟熏火燎直至昏死过去，方才幸免于难。申力行睁开眼睛，看到了自己的父亲。得知因为爱子的缘故，导致医馆被付之一炬，且死了一位弟子，申梓木感觉愧对故友，对着申力行连抽好几个巴掌，旁边的仆人慌忙来劝劝阻，毕竟申力行身上的箭伤还没好。申力行想要去找父亲的弟子言亦冬，让他帮助自己加入六扇门。深知官场险恶的申梓木坚决不同意，让他守好家业，做好地主才是王道。此时言亦冬为了京城的一起凶杀案赶到通州申家，找师傅申梓木去帮助侦破此案，以应对刑部命令。
申梓木在验尸过程中发现，死者身上的致命伤是肋部的刀伤，根据其黑黑的牙齿，申梓木判断此人应该吸食鸦片成瘾。而下体受过阉割，以及脸上纵横交错的刀伤，只是为了掩人耳目，混淆视听，扰乱捕快办案思路。于是，申梓木让人去查宫里最近有没有失踪的公公。
来到了潜龙邸的齐王让自己手下人帮自己婉拒了众多大臣的见面请求，可刘吉却不顾阻拦，执意要见齐王。齐王接见了刘吉，刘吉称自己找到了暗杀齐王的凶手，请齐王和他一起前去查看。可当齐王与刘吉一起来到大牢的时候，见到的却只是几具面目全非的尸体。刘吉与自己手下的锦衣卫都指挥使刘进相互配合，演起双簧，将刺杀齐王的黑锅推到了绿林豪杰的身上。心知肚明的齐王看穿了他们演的这出把戏，但却没有当场戳穿。刘吉看到齐王模棱两可的态度，决定清除自己曾追杀齐王的痕迹。于是，派方毅曾经的手下孙乾杀方毅灭口，并许诺事成之后有其接替方毅的百户职位。重赏之下必有勇夫，孙乾不顾往日情谊，趁方毅搜捕申力行之后筋疲力尽之时，凶残杀死方毅，取出了方毅身上象征着百户身份的铭牌，取代了他的位置。
苏溢清来到了京城，找到了齐王，向其引荐一路帮助自己化名为程咬金的申力行，希望齐王把此人当做京城的心腹。齐王答应要找到申力行以报恩，但是却没有发展自己在京城的势力的想法，他决定安心回到济南做自己的藩王。此时，赵无极上门求见，齐王向赵无极表达了自己想要离京的想法，希望赵公公派人帮忙护送，而赵无极告诉齐王朱见溢，一旦离开京城，那就必死无疑。(剧情百科原创剧情，转载请注明出处!)
