深夜，宋皇闯入宋慈的院内大呼：“宋慈，快来救驾”，随之一支利箭射进宋皇胸内。一声惊叫，宋慈从梦中醒来。
宋皇下旨召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈智破了一民间命案，而英姑也在破案中“从天而降”。
宋慈刚刚到京，宫中内侍传旨召宋慈深夜进宫。
御史王儒璋私访湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情危危，他决定追查朝廷给湖州的五十万缗修堤资金，同时，新任湖州知府曹墨也开始追究五十万缗的下落。
大宋提刑官2剧照
一场洪水冲淹了湖州，洪水中一具尸骨露天现世，知县姜汝成水举尸骨上留下的玉佩，狂呼：“难道老天真要亡我大宋吗”，随后中风倒地。
曹墨自担了五十缗失踪之责，被押解进狱，临行时，他将玉佩交给妻子玉娘，让她将其交给宋慈。玉娘夜闯提刑司，将玉佩交给宋慈。于是，一场追查“皇室谜案”开始了序幕。
