朱元璋被她打扮成了方丈，她自己打扮成了小沙弥。允文托张楚楚去“花果山”找小玩子。到皇觉寺来的季淑妃都没能认出皇上。小玩子以山贼的口吻写了封索要二百两赎金的信，只作山贼把朱元璋当成是个老管家，信中有朱元璋被捆绑的画像还有朱元璋的手书。小玩子告诉朱元璋说勒索信会送到朱允文手上，却把信送给了朱棣，她想让朱元璋传位给朱棣改写历史。
朱棣接到勒索信后大惊，不得面见皇上的他只好找朱允文打听近况。朱允文因为有朱元璋不得对外人说的旨意，所以没有在朱棣面前承认皇上不在宫里。朱棣见允文不肯说实话便没提勒索信之事。叔侄之间的矛盾产生了。朱棣如约来到交钱赎人的地方，随小玩子躲在一旁的朱元璋却纳闷为何来的不是允文。
依言转到别处的朱棣被放鸽子。懊恼的朱棣找张楚楚相商，张楚楚断定是小玩子所为。嗅出阴谋气息的朱棣向张楚楚坦白求助。朱棣带领一帮亲随来太子宫，称怀疑父皇遭绑架，然而，心善的朱允文没有说不出原委，反而令叔侄两人误会加深了。朱元璋和小玩子在新的接头地点谁也没有见到，早有去意的朱元璋下令回宫。出去找皇上的允文无意中找到了季淑妃。
朱元璋回宫后召见允文——已去寻人，要见朱棣——和张楚楚带人去了接头地点。朱元璋自觉没一个合自己心意，允文为何没有去;朱棣带人去又太莽撞。允文将淑妃带回燕王府。
朱棣关于皇上的一连串追问，允文怎么回答都不能让他满意，最后朱棣只得以企图弑君谋反的嫌疑羁押朱允文。根本不知道发生过什么事情的朱允文感到朱棣举止无礼怪异，猛然意识到是朱棣在故意制造事端，至此两人的误会更加深了。当晚朱元璋因想通了事情而多喝了酒，突发疾病，危在旦夕。
小玩子在太子宫等朱允文不归，突然陈公公跑来叫朱允文，说皇上突发疾病，小玩子忙先行进殿。陈公公得知皇上快不行了忙派人去传唤所有皇子重臣进宫。小玩子还试图说服朱元璋传位朱棣，此时陈公公拿来遗诏，不过朱元璋还没碰到遗诏便已咽气。小玩子向赶到皇族成员和众大臣宣布皇上口诏――传位给四皇子朱棣。
有大臣提出：皇上有没有书面遗诏。陈公公拿出遗诏，上面却写的是传位给皇长孙朱允文。小玩子说是皇上临终前改了主意，所以要传位给朱棣，可陈公公也不能证实她的话，而大多数人不肯相信小玩子的话，因为她既无皇家血统，又无臣子身份。小玩子说自己说的全是真话，还质问朱允文为什么不说话。
朱允文已经被这一晚上的叔侄反目，皇爷爷的突然驾崩，心上人的当众背叛等一系列的事情击晕了，他说他什么都不知道，什么也不敢相信，仙仙的心一下子凉了，并直言允文以后会后悔的!朱允文只能眼睁睁看着小玩子被抓了起来。小玩子身在冷宫感慨朱允文不理解自己的苦心。
张楚楚告诉小玩子，说如果不是朱允文顶着众人的压力，小玩子肯定早就被处死了。她相信朱允文是想救小玩子的，但又怕他身不由己，就像自己所爱的朱棣，她们爱上的都是身在其位而又常常身不由己的男人。所以她打算用朱棣给她的假死药救小玩子出去。 朱允文继位后，讨论的第一个问题就是杀不杀小玩子。
朱允文坚决不肯同意。众臣退下后，朱允文百感交集地看着那份遗诏，无意中从盒子里发现了朱元璋留给自己的三个锦囊。打开第一个，朱元璋令朱允文去争取朱棣辅佐自己。想起那天被朱棣无故羁留，朱允文不敢抱希望。朱棣跟张楚楚说准备回北平，但又说朱允文大概不会轻易让自己离开。
他希望张楚楚能在自己离开京城后会合，张楚楚因为要救仙仙而没能答应，朱棣以为楚楚放不下高官厚禄，愤然离去，两人又一次不欢而散。允文去微服访朱棣，结果吃了闭门羹。刚离开燕王府，就有人来报：仙仙郡主死了，朱允文闻讯如雷贯顶，悲痛欲绝。小玩子遗言交代把自己放在木筏上水葬，由张楚楚负责她的最后一程。
伤心欲绝的朱允文同丁香、张楚楚一起水葬小玩子，临别，朱允文将那只游梦仙枕放在了小玩子身旁。看着仙仙的竹筏越来越远，他伤心欲绝......朱允文回到宫里，处处看到的都是小玩子的身影。他知道，小玩子永远离开他了，一切欢乐也永远离开他了。有大臣来报，说朱棣想要回北平，所以已将燕王府包围。
黄子澄也认为不能让他离开京城，但朱允文始终犹豫着。这时，他想起朱棣不肯答应辅佐时可打开第二个锦囊。锦囊里写着：“削藩王，保江山，杀朱棣。” 他将此给张楚楚看后说，他不想再失去任何亲人，想让她陪朱棣一起归隐山林，过小玩子当初所希望的生活，算是替自己了了心愿。
深受感动的张楚楚带着朱允文的金牌令箭来找朱棣，但朱棣根本不相信朱允文，认为这一切不过是朱允文耍花样，自己终究难逃一死，所以拒绝了张楚楚的提议。小玩子的死是服了张楚楚给的假死药，她告诉张楚楚历史上朱棣是靠装疯脱险的。但是骄傲的朱棣不屑于这样做，允文和朱棣吵一阵，他说不想他所敬爱的女人--张楚楚，经历着他所经历的痛苦，所以他给了朱棣一个晚上的机会。允文走出燕王府，对众人宣布：“燕王疯了”，之后，强行下令撤走所有官兵。
朱棣回到北平，即以“清君侧”之名起兵，发动了历经四年的夺位之战，即为历史上著名的“靖难之役”。四年之后，朱棣已经占领全国，并且，大军兵临南京城下。然而，朱允文依然一年一度地来到江边用鲜花祭奠小玩子。时间越长，朱允文对小玩子的思念就越强烈。面对迫在眉睫的危难朱允文并不在意，也许正是对小玩子的思念才使他不留恋生命。
小玩子知道是朱允文有危险，她要张楚楚带她见允文。朱棣意气风发的想向世人宣告这天下终究是他的。他交代手下只要允文投降就好，不可伤了允文。可是允文是不会投降的，此刻他正在劝宫人们快快离开。丁香和陈公公却坚决留在他身旁。张楚楚将一样东西放在了朱允文面前，是久违了四年之久的游梦仙枕。
朱允文正感慨可惜仙仙不能像仙枕一样失而复得，小玩子却已经活生生地出现在了朱允文的面前，两人相拥而泣。张楚楚为了仙仙和允文的生路愿去朱棣那里求情。黄子澄只身来到朱棣军帐，愿意以死来换得朱棣收兵，却未能如愿，控诉清君侧不过是个幌子而后自刎江边。
燕军开始攻打皇宫，在为难时刻朱允文想起朱元璋留下的第三个锦囊。张楚楚来到朱棣军帐，朱棣告诉她他要江山就是想与她分享。第三个锦囊记载的的正是允文需要的脱身之法。张楚楚跟朱棣说了杀朱棣的密诏，希望他成全允文跟仙仙。朱允文小玩子依朱元璋遗计穿上袈裟从密道逃跑。
陈公公和丁香为了助朱允文小玩子顺利脱身，换上龙袍放火烧毁密道口。听闻仙仙未死的朱棣赶去皇宫，可是皇宫已成火海。朱棣见状，知道朱允文小玩子已无望生还，不禁后悔不迭。有士兵来报发现了着龙袍的男尸及女尸，朱棣、张楚楚都感到很痛心。这时，有人说尸体不像建文帝，朱棣听他说完理由，将其灭口，并且宣布皇帝己葬身火海，要厚厚地埋葬他们，张楚楚深感欣慰。
此时十三颗行星排成了一条直线，困在火海等死的朱允文小玩子和他们怀中的游梦仙枕随着一道红光消失了。与朱棣手握着手的张楚楚突然看到天上的十三颗行星和一道红光，张楚楚情不自禁地说“他们也许真的回去了!”望着朱棣，留下来的张楚楚深情地对朱棣说：“仙仙他们已经回花果山去了，从现在起，我的故乡就是你……我随你……
上下古今，海角天涯!” 朱棣安心搂过了张楚楚，二人一起仰头望夜空。幸福的靠在了一起......在现代的北京，明十三陵古迹内，一群游客吃惊的望着一身明代服饰，正恍惚又惶惶然四顾的小玩子，她在找寻朱允文……
而这时的朱允文，却掉在了“十三陵旅游”的游览车上……小玩子如愿以偿的回到了现代化的中国，但是，在茫茫人海中，她会跟属于明朝的朱允文再相见吗?
