雨潇潇的春天，东南沿海某城市。
一幢临海的木屋里，青年画家高原的学生夏雨涛在画着一幅静物水粉。忽然，一个女孩闯进木屋，疯狂地拍打着高原的房门。女孩是高原的旧情人，她砸碎了玻璃窗并投海自杀，终于迫使高原出来见她，两人湿漉漉地拥吻着进了木屋……
高原为了逃情，决定去北京求发展，他将木屋的钥匙交给了雨涛。
夏雨涛的父亲十多年前病逝，母亲秀和靠摆缝纫摊养活一双儿女。酷爱美术的雨涛报考美院屡试不中，今年已经是他第三次报考了。虽然家境贫困，秀和还是设法安排他进了重点中学插班学习。在一中的画室里，雨涛见到了清纯可爱的高一女生思佳。他以思佳为模特，用雨水调色画了一幅“雨水彩画”。思佳很喜欢雨涛的画，但是由于一场误会，不敢向他讨要，只得求助于雨涛的好友洪伟。几经周折，雨涛亲自将画送到思佳手里。
五岁的小青是个私生女，因不堪酒鬼父亲的虐待，投奔姨婆家，可是姨婆并不欢迎她。小青患有的孤独症使她无法与人交流，唯一的嗜好就是坐在门槛上发呆。雨涛对小青十分疼惜，每次经过姨婆家都会跟她打个招呼，这个小小的举动，使雨涛成为小青的“苦海明灯”。
小青被三轮车撞伤，雨涛送她上医院，不料却遭来姨婆的白眼。小青的酒鬼父亲来接她回家，小青尖叫着扑进雨涛怀里。
思佳是个活泼快乐的女孩，在家里被叫做“小妖精”，在学校里被叫做“梦想家”。思佳出生在知识分子家庭，父母思想开明作风现代，她在宽松健康的环境下长大。思佳对父亲表现出的种种亲昵举止十分有趣，她甚至在父母亲热的时候破门而入，要替父亲量腰围，为的是要他控制体重保持身材。对思佳的“恋父情结”庭轩一笑了之，母亲静如却有点担心，身为儿科大夫的她希望思佳的心理能够健康地成长。
玉琴因从小失去父爱和母爱，造成她对年长男性的依恋。中学时，玉琴跟音乐老师韦健有过一段刻骨铭心的师生恋，但韦健迫于社会压力背叛了爱情，对此玉琴始终无法释怀，提不起对婚姻的兴趣。
雨季不再来剧照
出租车司机邢子良是玉琴的高中同学，暗恋玉琴多年。这天他来到玉琴上班的书店外接她下班，子良放起了高晓松的音乐，《同桌的你》在车内轻轻地吟唱，玉琴陷入往事的回忆。
雨涛和好朋友洪伟赴杭州参加美院的招生考试。台商千金陈鹭离家出走，躲进三流旅馆逃避父亲的追踪。陈鹭误入雨涛和洪伟的客房并发生冲突，洪伟扣留了陈鹭的护照，幸亏雨涛从中周旋才避免事态恶化。
洪伟忙里偷闲，上网和网上恋人“玫瑰毒”聊天，不料冤家路窄，陈鹭也在同一家网吧。洪伟对她冷嘲热讽，双方又发生口角。餐厅里双方再次短兵相接，洪伟骂身带手机的陈鹭不是“贼”就是“鸡”，盛怒的陈鹭泼了洪伟一身的菜汤。他们做梦都不会想到，对方就是自己的网上恋人。
考场上，由于太过紧张雨涛出现了眩晕，经过一番意志和心理的较量，终于艰难地挺了过来。考试结束，雨涛和洪伟踏上回程，冤家陈鹭也上了同一列车。列车到站了，陈鹭又和他们一起下了车，她的神秘令洪伟和雨涛感到困惑。
回校后，雨涛投入了文化课紧张的学习。考前体检中雨涛的脑电图出现异样，医生怀疑是某种脑部疾患，要他做进一步的检查，想进美院想疯了的雨涛不听医嘱，也没有将情况告诉家人，他只想争分夺秒补习功课，以便顺利通过文化考试。
玉琴意识到子良的感情，拒绝再上他的车，为了躲避子良她拐进一条岔道，不料却与海南归来的韦健狭路相逢。玉琴方寸大乱仓惶逃离，往事象过电影一样在脑海中不断涌现，甜蜜与痛苦同时轰炸着玉琴，她在颤栗中闭上了眼睛……
思佳给雨涛送去了文艺演出的入场券。演出当晚下起了暴雨，父母没能来，朋友们也没来，惟有雨涛冒着大雨来看演出。如涛的雨声中，他们感觉到了彼此心灵的接近。思佳的领唱和朗诵倾倒了观众，也倾倒了雨涛。
玉琴也来到了剧场，望着台上担任指挥的韦健，往事一幕幕涌上心头。演出结束，韦健在剧场外追上玉琴向她忏悔，玉琴丢下一句“我不是神父也不是上帝，没有听你忏悔的义务”，毅然转身离去。
