叛逆者剧情讲述1936年，年轻的复兴社干部训练班学员林楠笙，被复兴社特务处上海区区长陈默群带往上海。陈默群从叛徒那里掌握了一个上海地下党的联络地点，分析出沪江大学的学生朱怡贞就是中共上海市委的联络员。陈默群要林楠笙接近朱怡贞，通过她进而打入地下党内部。
在执行活动的过程中，正直单纯的林楠笙不断被顾慎言、纪中原、朱怡贞等共产党人为国为民的使命感和大无畏的牺牲精神吸引，对国民党内部的乱象和社会现实有了更深思考。
林楠笙在对日伪的斗争中勇敢果毅，屡立战功，在关乎民族大义面前，多次和共产党人站到一起。经过近十年的认识和选择，抗日战争胜利前夕，林楠笙成长为一名真正的共产党员，并在接下来的解放战争中，利用他在军统的特殊身份，在一些关键时刻，对地下党提供了极大的帮助，为新中国的成立做出了重要贡献。
