新帝中毒吐血后，一直昏迷不醒，皇后方婉芷一方面独揽朝政，借机恢复方家权势，另一方面为了让云时投鼠忌器，不敢轻易与蜀国结盟，率兵攻打新朝，便将云贤妃与徐婕妤关入大牢以酷刑凌虐，却又让两人苟延残喘，方婕妤看到云贤妃与徐婕妤遭受酷刑的惨状，终不忍心，私自与张巡合作，放走云贤妃和徐婕妤。
皇后方婉芷唯恐新朝兵力不足以与蜀国以及云时抗衡，除了削去大将黄明轨的兵权，并将黄明轨的部队交给父亲方凌远，同时也暗中要求伯父方凌近集结各路节度使的兵力，到京城勤王，想借此吓阻蜀藩王李桓。李桓眼见新朝可集结的兵力远超过蜀国，果然心生动摇!沈浩眼见李桓有可能对云时不利，遂施计将云时带离蜀国，另做图谋。
云贤妃与徐婕妤逃走一事，终究还是被皇后得知，皇后得知后，派何远追杀，原本云贤妃与徐婕妤想要逃到南棠国，却在半路上被何远追至，此时辰楼中人突然出现，将何远团团包围!何远情急之下以云贤妃的性命做为要胁，没想到辰楼中人不为所动!原来张巡当初协助云贤妃与徐婕妤逃走，其实是为了借此诱杀何远!何远杀了云贤妃，但自己终究也惨死在辰楼中人的刀下!刀口余生的徐婕妤写下血书一封，请辰楼人交予云时，云时收到血书后，得知妹妹云贤妃惨死，发誓要杀了皇后报仇雪恨。
皇后方婉芷得知云时已经离开蜀国，新朝燃眉之急已经暂解，但方世与方凌远、方凌近所集结的兵马，已经驻扎在京城外，准备夺取新朝江山，并且狂妄的向皇后方婉芷逼宫，想要逼皇后与新帝禅位，让方世登基为王。于是皇后方婉芷让昏迷不醒的新帝醒来，方凌远、方凌近与方世均被捉拿。
宝锦被皇后方婉芷私自囚禁在牢中，受尽酷刑凌辱，护主心切的季馨，就算身怀六甲，仍亟欲救出宝锦。丧心病狂的皇后方婉芷将堂妹方婕妤施以割舌之刑，几近疯狂的行径，只为了掩盖当初对新帝下毒，让他昏迷不醒的真相。清醒过来的新帝就算想要审问方婕妤，也徒劳无功!
季馨率领辰楼死士冲进大牢，但皇后早已安排大批伏兵，季馨为了救宝锦而牺牲，宝锦边流泪边逃，仍被皇后方婉芷的伏兵擒获，押返大牢。皇后方婉芷将宝锦继续囚禁，为的就是要以宝锦为饵，引诱云时前来营救，然后一网成擒不过皇后方婉芷的如意算盘却被新帝破坏，因为新帝不顾皇后方婉芷的强烈反对，下令释放宝锦，并且再度赐给宝锦一面玄铁令牌，同时也恢复了宝锦的自由之身。
新帝下定决心对皇后方婉芷表示，宁愿放弃江山，也要同宝锦在一起。此时与方凌远一同赶到三省斋的宝锦却说：「江山本属元氏，要还，也该还给我!」宝锦与皇后厮杀，新帝从中阻止，因为宝锦是他最爱的女人，而皇后方婉芷是他的结发妻子，他不希望任何一方为他而受伤。
云时率兵攻入皇城，张巡、黄明轨也纷纷表明，自己是辰楼中人的身份，黄明轨所率领的禁军更全数效忠黄明轨，此时新帝已是众叛亲离，孤掌难鸣在元氏旧臣的簇拥之下，锦渊帝身穿龙袍，万兵相护，步入金殿，所有的真相在此一一揭开，原来所有事情的始作俑者都是皇后方婉芷!新帝此时万念俱灰，只求锦渊帝能饶方婉芷不死，但云时怎可不报方婉芷杀害自己父母的血海深仇?就在云时刺杀皇后之际，新帝以身挡剑，眼见新帝重伤垂危，皇后方婉芷也挥刀自刎，怀中抱着新帝，含笑而去。
景渊论功行赏，众臣皆受重用。景渊看破红尘，挥手离去，江山交由宝锦打理。宝锦将新帝与皇后列入太庙供奉。宝锦登基即位，云时辅佐。 (全剧终)
