李时珍在斯语和家人的照顾下身体慢慢康复,他说动父亲支持他继续告下去。他到了巡抚衙门状告福成药行与惠民局勾结贪污朝廷除疫银两、制假贩假,使得瘟疫蔓延、百姓死伤无数。巡抚暗示李时珍不要再告。朱成翊也找到李时珍,以成全李时珍和苌葶的婚事为条件让李时珍撤诉,遭到李时珍的拒绝。
很快,巡抚便用假的人证物证告李时珍出售假药害死人命,将其缉拿归案。危急之时,顾先生出面带领众乡绅为李时珍求情。巡抚有所收敛,却暗中找严世蕃问计。严府明示先定罪再说,巡抚随即判李时珍秋后问斩。顾先生赶紧给亲家刑部尚书冯天驭写信求救,冯天驭研究卷宗后觉得案情重大,似乎与严家有牵连,随即请内阁大臣夏言定夺,夏大人正愁找不到拿捏严嵩的把柄,下令彻查此案。