上一季，在撒玛利亚的步步紧逼之下，芬奇还是成功地把机器的代码，压缩至一台装有一大堆内存的手提箱里，解救了出来。
新的一季，撒玛利亚继续对芬奇一行人进行追杀。芬奇和里瑟带着手提箱登上了前往曼哈顿的渡轮，并来到了地铁站的秘密基地。芬奇试图解压缩位于手提箱中的机器，但失败了。
根逃到了俄罗斯黑客贝拉的地盘，但被贝拉出卖，撒玛利亚的人员找到了根。正在这时，里瑟赶到，救走了根，并带她来到了秘密基地。根还从贝拉的仓库里，带走了300台最新款的游戏机。他们用这些游戏机建造了一台超级计算机，来解压缩机器。但由于散热问题，超级计算机差点烧坏，里瑟从地面上搞到一瓶液氮，化解了这一危机。机器的解压缩能否成功呢？
弗斯科被FBI调查，但最终不知为何，又被无罪释放了。芬奇也不断回忆起创造机器时，发生的一些事情。
