机器提供的最新疑犯是一个国际商人，詹姆斯·孔，孔本应前往伦敦，但在纽约稍事停留。原来他认为自己得了感冒，里瑟尾随他到了医院。医生为他注射了流感疫苗。终于，肖逃跑成功，她用消防斧一路挖到了一座监狱，通过跟犯人交谈，肖得知自己在南非约翰内斯堡。福思科通过调查黑道使用的卡车，找到伊里艾斯之前的手下，通过索要卡车司机的名单，查到了杰夫，杀死克鲁帕的凶手（第5集）。

　　孔猝然倒地，护士在第一时间为孔进行了电击复苏，但孔还是难免一死。医生找不到其中的原因，因为流感既不会猝死，也不会吐血。医生对医院进行了封锁，芬奇也赶来了现场，和里瑟一起进行调查。医院里，有人通过手机看到新闻，得知医院封锁的原因可能是高致命性传染性病毒，人群开始恐慌。孔的尸检结果显示，在进医院前，孔就得了H5N1型禽流感，再加上为他注射的减毒性人流感病毒，两者是致命而且传染的。

　　疫情开始蔓延，有人开始咳血。杰夫也在医院，他被撒玛利亚的人员派到这里，并被指示杀死并陷害三名医生。通过和根沟通，芬奇发现幕后操纵者，依旧是撒玛利亚。这三名医生发现了医疗系统的漏洞，而撒玛利亚是医疗系统的建设者，这对撒玛利亚是威胁，于是撒玛利亚试图伪造一起疫情，并陷害于三位医生。里瑟发现了杰夫，但没能阻挡杰夫注射病毒到其中一个医生和福思科体内。事后杰夫逃脱了。机器根据病毒找到了抗病毒剂，根伪装成医护人员把这些抗病毒剂送到了医院，控制了疫情。

　　格瑞尔的手下拦住了肖，他试图改变肖的想法，让她觉得这次逃跑仍是模拟，但肖没有听信。肖开枪杀死格瑞尔的手下，逃出监狱。肖开上一辆卡车，听到了广播中纽约疫情的消息。福思科申请调离，取消和里瑟搭档，因为他对里瑟隐瞒真相一事再也无法忍受。杰夫和撒玛利亚的手下进行交谈，原来撒玛利亚在利用这次疫情，采集市民的DNA，以实现控制人类的目的。