永琪伤及胳膊，小燕子自责不已，后悔自己的冲动害永琪受伤。永琪十分谅解小燕子这些日子以来的矛盾与煎熬，他不能帮她分担，与知画的事，还造成小燕子心里更大的痛苦，永琪为此深感歉疚，小燕子为了他，放弃自由，放弃原有的生活，甚至放弃报仇的念头，勉强继续在宫里生活，如果不是知画刻意让此事爆光，也许皇阿玛一辈子也不知道自己竟是
小燕子的杀父仇人，小燕子也将一直活在矛盾与痛苦中。若他的受伤能化解皇阿玛和小燕子之间的仇恨，要他伤几百次都愿意。藏了好久的身世秘密终于拆穿，他们俩反而有了如释重负之感。无论皇阿玛的决定如何，顶多“要头一颗，要命一条”。只要他们能永远在一起，什么都不怕。
乾隆留下紫薇，仔细问了整件事的经过，紫薇知无不言，言无不尽，皇阿玛终于明白了方之航的故事。紫薇请皇阿玛试着理解萧剑，萧剑若存心报仇，不会等到现在，他始终不愿做官也是有苦衷。对于老佛爷囚禁众人，永琪被迫娶知画，乾隆也到现在才恍然大悟，小燕子一天到晚对他掀眉蹬眼，也是这个原因。没想到短短的时间，竟能发现这么多令人意想不到的事，乾隆也不禁感叹起命运弄人!紫薇请求皇阿玛宽容以对，毕竟，没有人愿意发生这些事，他们几个各有各的煎熬，各有各的矛盾，也各有各的苦衷，皇阿玛一直是懂情之人，一定能明白。紫薇的话，乾隆默然无语。
尔康无意中答应了娶慕沙，再怎么不愿，也得同意。至此，尔康全然死心，染上了毒瘾，终生戒不掉，又回不了北京，不能和紫薇在一起，生不如死，娶不娶慕沙似乎也没什么关系了。尔康问慕沙是否有摆脱毒瘾的可能，想戒毒没有别的方法，就是不吃而已。但是，戒毒的过程会非常的痛苦，有人甚至咬舌自尽。尔康决定趁慕沙不在，再试一次，希望能顺利戒毒，摆脱毒瘾，才有重新开始的可能，如果往后的岁月再也见不到紫薇，他不知道是否有继续下去的必要?尔康身上仿佛有几万只蚂蚁在爬动，痛不欲生时，慕沙带着大夫和巫师冲了进来。尔康仿佛已丧失了理智，见药就抢，也在同一瞬间，戒毒的信念让他摔去手中的银珠粉，痛苦不堪的样子，实在可怜。大夫认为尔康的毒瘾太深，要成功戒毒实在太难了。于是，反倒又加了一味药在银珠粉中，服下银珠粉的尔康，只觉得轻飘飘的，像是坠入云端般的感觉，好像可以忘记现实的残酷，飘在云端，无忧无愁，也许还可以梦见朝思暮想的紫薇。这是尔康的悲哀，又何尝不是紫薇与众人的悲哀，慕沙开始同情尔康，却依然固执的要将这样的尔康留在身边。
乾隆花了两天的时间，彻底了解方之航一案的前因后果，终于查清楚之后，召来众人，当面解释了这件事。原来，二十五年前，方之航当任浙江巡抚，是位极有才气的文官，后来竟遭人陷害，乾隆本无意杀他，却在一连串的阴差阳错之下，成了间接杀害方之航的凶手。当然，方之航本人是否有反清思想，这也是关键之一，然而，乾隆本无意处死他，这也是事实，最让人震惊的是，陷害方之航的人，身份虽一直受到刑部保护，最后，乾隆查出此人就是山东巡抚方式舟，去年南巡时欺上瞒下，被孩子们拆穿，已斩首示众。所谓“天网恢恢，疏而不陋”。无意之中，小燕子和萧剑已报杀父之仇。一切的前因后果，在乾隆仔细的阐清之后，终于有了结果，小燕子和萧剑也终于明白，父母的死，并不全是皇上的错，想起这一切，还是令人感叹莫名!乾隆想起小燕子曾带给他的快乐：南巡时，为了让他开心，当小二、背菜单、唱戏、跳舞、背成语大全，以及许多小燕子的著名诗句“抬头见老鼠，低头见蟑螂”等等，若无杀父之仇，他不会失去小燕子这个开心果，想起来仍有些感伤。即使再难舍，他仍决定放掉他们，也让这段仇恨就此烟消云散。
太后仍有些怀疑萧剑和小燕子是否真能放下仇恨，众人全为他们俩担保。小燕子也感叹不已，为了杀父之仇，她也付出了很大的代价：失去欢笑，失去永琪，失去皇阿玛，也变不回原来快乐的小燕子了。永琪决定为小燕子放弃江山，随小燕子浪迹天涯去，清缅大战让他对人生有了更深的体会，能与相爱的人长相厮守，才是人生最大的幸福。乾隆瞭然于心，成全永琪的选择，他们走出后，乾隆会立刻召告天下五阿哥病逝，从此，父子俩相间见的机会就很难了。永琪心里感到一阵惆怅，分离的时刻似乎已近在眼前。乾隆将晴儿指给了萧剑，希望晴儿的陪伴能弥补萧剑二十年来的孤苦，萧剑终于心服谢恩，此生能拥有晴儿，就是上天给他最大的福份。于是，这件大事就在乾隆宽容的处理下，圆满解决。虽然结局令人有些伤感，却不后悔所有的决定，记得曾经共有的欢乐时光，必须放手时，也能潇洒的面对，轰轰烈烈把握灿烂年华，人生，就是这么回事吧!
永琪与知画最后一次深谈，诚恳的要知画放弃他，寻找属于自己的幸福。知画不愿，虽然她曾经不择手段的做出一些伤害永琪和小燕子的事，但最终目的还是“爱永琪”。永琪的驟然离去，将成为她心头永远的痛，这个无福晋也失去了意义。永琪深知亏欠知画，也为曾加诸于她身上的折磨愧疚，但是，他无法为了这些愧疚放弃小燕子，小燕子是他生命里最重要的一部分，失去小燕子就等于失去了全世界。如果可以重新选择，他一定不会娶知画，宁愿以他的生命换萧剑的生命，也不愿以这样的方式断送一个女孩的终生幸福，婚姻里如果没有爱，是最悲哀的事啊!
老佛爷实在舍不得晴儿，将从不离身的翠玉项链送给晴儿当嫁妆，那是老佛爷最珍贵的情意。要晴儿和萧剑好好过日子，为萧剑生儿育女，也算是弥补皇上对方家的歉意。最后，很高兴能看到晴儿得到幸福，她也能放心了。老佛爷的如此厚爱还是让晴儿落了泪，能在老佛爷身边，倍受宠爱，还在最后得到老佛爷的祝福，曾经以为注定遗憾，如今也已不复存在，晴儿感谢老佛爷给她幸福的圆满感觉。小燕子与皇后告别，皇后卧病在床，眼见小燕子前来告别，有些伤感，依然赞成小燕子离开皇宫，重新开始自己想要的生活，人生总要有舍才有得。小燕子依依难舍，想到要离开皇宫，离开熟悉的人与事，还是有说不出的难过。
明月、彩霞、小邓子、小卓子，得知两位格格和五阿哥即将离开皇宫，说什么都舍不得。小燕子会请令妃做主将明月、彩霞嫁出去，希望她们也能有很好的归宿，过自己想要的生活，别再被皇宫束缚，不会再被别人呼来唤去。小燕子的好，奴才们始终牢牢记得，这个一直教她们“平等论”的还珠格格，是皇宫里的传奇人物，更是他们心底最好的主子。明月、彩霞不愿嫁人，小邓子、小卓子也执意等格格们和五阿哥回来，这份深情厚谊，还是让小燕子红了眼眶。
终于到了离别的时刻，众人一一话别，过往的恩怨也将留在记忆深处。最后，知画抱着绵億送永琪，心里仍抱着一丝期盼。永琪看着小小的绵億，想到将与孩子永远分开，忍不住紧拥住绵億，希望绵億能在知画的教养下，成为一个好孩子，他的爱将永远陪在绵億身边。永琪与知画话别，知画仍坚守着等待永琪回来的决心，永琪无奈，却只能就此别过。于是，他们终于离开了皇宫，往营救尔康的路途上勇敢前行，紫薇的心早已飞到缅甸，飞向尔康身边。
缅甸花园，尔康不知何故攀上屋顶，强烈的药效让他有些飘飘然，不知不觉却吐露出真心话，他心心念念的一切都是紫薇，即使残破的身体已配不上紫薇，但他的灵魂纯洁如昔，始终与紫薇相偎相依。恍惚中，坠落草丛间，慕沙震动不已，赶忙救起尔康。
