藏身点内，罗祯祥有些紧张，林剑松交代他一定要冷静沉着。车内，乔少山和罗祯祥换上了码头工人的衣服，混在港口大门外十几个等着上工的工人队伍中。
吴淞口码头，特务从补给品的菜篮中发现藏在里面的炸弹，按照今井的命令，没有将其缴获，而是在菜篮上做了一个记号，在不远处今井盯着菜筐。
拖船码头，今井和手下躲在仓库中监视着何老大的拖船，看到何老大在做出发前的准备，而林剑松却迟迟没有出现。林剑松从仓库窗户潜入，对今井和他的手下突然发起进攻，双方火拼，林剑松手刃今井，为所有牺牲在他手中的同伴报仇雪恨。
乔少山和罗祯祥在吕四港查到云济号补给品的米面行，通过一个走私贩子的途径，找到通往吕四港码头的地下通道，两人钻进迷宫一般的地下通道，抹黑前进。云济号驶进吕四港码头，东野隆阴谋得逞。
与此同时，驻守在吴淞口的特务们没有等到乔少山的出现，立刻警觉起来，今井迟迟未归，影佐派遣手下前往拖船码头寻找。罗祯祥和乔少山在地下通道中迷失方向，正好在此时送米面老板的声音给两人指明方向。
林剑松登上何老大的拖船，向吕四港赶来。影佐命令吕四港的特务加强戒备，云济号一旦完成补给就立即开船。罗祯祥和乔少山绑了两个工人，换上他们的衣服之后混在工人的队伍中，背着藏有炸弹的米袋向云济号走去。
东野隆为了防止船员逃跑，将程久三等人全都关押在一间舱室中，今井从手下口中得知今井殉职，意识到林剑松很可能已经前往吕四港，立即下令开船。乔少山被工头叫下去搬运物资，罗祯祥一个人偷偷混进云济号。藏在厨房内的罗祯祥意识到只有他一个人成功登船，不知如何是好。
程久三等人不愿开船，东野隆使出杀手锏，以船员家属的性命相要挟，大副被迫拉响汽笛，云济号缓缓使出吕四港。
得到预警的东野下令全船搜查，云济号上，特务们逐层搜查货轮，船员舱、机轮舱，货仓直到底舱，罗祯祥在厨房中焦急的等待林剑松，特务们搜到厨房，罗祯祥躲在柜子中逃过搜查。
手下回报，没有发现林剑松的踪迹，东野命令程久三将顺丰号开进长江口。厨房内，林剑松终于和罗祯祥汇合，罗告诉林，乔少山没能上船，两人清点运上来的炸弹决定立即行动。
东野要程久三安抚船员，并且命令手下将不同部门工作的船员分开，派专人看守。送饭由厨子送到各个船舱。林剑松和罗祯祥躲进一间空置的船舱，罗祯祥担心只有他们两个人无法完成任务，当务之急是联系程久三，将他们的炸船计划告知对方。
厨子在特务的监控下做好晚饭，开始分饭，趁着特务不注意，将一张纸条塞进一个馒头之中。程久三吃到纸条偷偷查看，得知罗祯祥带着林剑松来救云济号，立刻振奋起来，趁东野隆不注意，悄悄改变航向，将云济号往外海开去，随后让大副将消息偷偷告诉所有船员。
乔少山返回景鑫仓库，由于不知道林剑松是否上船，担心行动失败，于是通知上级做好备用计划。林剑松和罗祯祥分头行动，一个想办法利用发报机通知外界，一个要去工具仓寻找切割工具，结果罗祯祥遭遇巡逻的特务，命在旦夕。
林剑松及时出现，从特务的枪口下救出罗祯祥，两人拿着切割器下到水密舱，绕道向冷藏室摸去。手下失踪，东野隆意识到正是林剑松所为，于是离开带人搜查，找到通往水密舱的入口，罗祯祥将阻隔钢板切割开来，顺利进入夹层，可是东野发现了林剑松，将其打伤后靠在钢管上，逼问罗祯祥的下落。
罗祯祥继续切割，终于进入冷藏室，开始安放炸弹，等待暴动信号的船员们听着汽笛声，时间一到，程久三拉响第一声汽笛，可是被东野隆阻止，林剑松挣脱手铐，杀死看守他的特务，冲向驾驶室要程久三拉响汽笛，东野隆得知冷藏室的泄露，发现罗祯祥就在里面，立刻杀了进去，林剑松及时赶到。
船员们同时向特务们发起偷袭，在船长的带领下冲上甲板，放下绳梯，登上了前来接应的拖船。林剑松将东野打成重伤，罗刚好设定完炸弹，两人正准备离开时，奄奄一息的东野突然挣扎起来，打碎装有生化武器的器皿，罗祯祥将林推出货仓，将大门从里面锁死，林剑松和罗祯祥隔着货仓门的玻璃相望，泄漏的生化武器威力发作，罗祯祥的皮肤出现变化，罗祯祥却微笑着看着林剑松，要他赶快离开。
一声巨大的爆炸声，云济号缓缓沉没，逃出生天的林剑松和程久三等人乘坐车拖船，驶向冉冉升起的朝阳。
