玉燕令刘喜杀了知道真相的太医和产婆。心兰思子过度，日渐憔悴。太医诊断苏樱脑部受了重击，得了失心疯。无缺回移花宫看望两位师父，却看到一群所谓的武林正派正要杀死邀月怜星，无缺忍受侮辱和打骂救下师父。玉燕对心兰说出一切真相，杀了心兰并伪装成她自杀。小鱼儿带苏樱找苏如是求医，可苏如是也束手无策。在小鱼儿的精心照料和终日陪伴下，苏樱终于恢复了记忆。这时刘喜杀来，重伤苏如是。
苏如是重伤不治，临死前小鱼儿答应她照顾苏樱一生一世。刘喜追来，小鱼儿用机关挡住刘喜，带着苏樱逃走。玉燕鼓动皇上立皇子为太子，越发不可一世。玉燕找回受伤昏迷的无缺，无缺醒来，却终日以酒浇愁，浑浑噩噩。江玉燕的野心越来越大，她使皇上昏迷不醒，企图弑君夺位。
玉燕妄想害死皇上，自己做女皇，跟无缺双宿双方。无缺愤然揭穿她心狠手辣的真面目。玉燕说出皇子就是无缺和心兰的儿子。众人赶来皇宫救无缺，却不敌玉燕的“移花接木”神功，燕南天更被玉燕吸去内力重伤而亡。小鱼儿、无缺、苏樱三人苦思对付玉燕的方法，小鱼儿想出一招同归于尽。在小鱼儿和无缺的逼问下，苏樱说出有一种“毒王圣水”，服下再诱玉燕吸去内力，可致她于死地。在去拿药引“午夜魔兰”时，苏樱不慎被它咬伤中毒。苏樱配制好“毒王圣水”之后，毒发而死。小鱼儿再次失去所爱，锥心之痛令他崩溃。
无缺和小鱼儿抽签决定谁前去找玉燕同归于尽，无缺抽中。喝临别酒时，小鱼儿用麻沸散令无缺不能动弹，自己前往。小鱼儿诱玉燕吸了自己剧毒内力，无缺及时赶来，终于杀死了她。这时小鱼儿已经奄奄一息。花无缺在小鱼儿的天颅穴上刺了一针，为了可以让他活下来。六年过去了小鱼儿没有死但是却和小仙女临死时一样就像个植物人不会说话不会动，花无缺每天都陪着他和他说话，直到有一天下了一阵雨出现了彩虹，奇迹出现了小鱼儿醒了他们兄弟两激动的抱在一起。
