凶手伏法档案重现 皇上实名阴谋再起
朱一品推测也许一开始他们就查错了方向，杀手也许根本就没有拿走档案，而是把档案混在其他成千上万的档案中，这让案件调查有了新的方向。李万基在聂紫衣的逼问下说了实话，在一个月黑风高的夜晚，李万基在干完坏事后，和同伙告了别，不小心撞见一个提着刀的人杀了自己的同伙毛毛，还将一个面具放在毛毛的尸体脸上将其毁容，为了保命，李万基不敢说出真相。柳若馨听完后，说杀手使用的是容颜拓印，因为会给被拓印容颜的对象造成毁容，很少有人会用此法。
朱一品推算出四号先知一定是推算出同舟会的一个大人物，才会被杀人灭口，而且从四号先知死的那天，同舟会的势力就已经渗透到先知中，一直有一个易容杀手潜伏在暗处，伺机杀人。聂紫衣慌慌张张跑来，说四号先知的尸体不见了，朱一品淡定的笑笑，说杀手一定会找他的，因为他的钱还在这。果然，杀手百炼愁来找他要回自己的乾坤一掷镖，百炼愁技不如人，死在柳若馨手下，临死要求朱一品将钱给他陪葬，朱一品答应了。朱一品根据在百炼愁身上发现的钥匙找到了几人丢失的资料，发现刘松居然是东厂厂公，朱一品很气愤，觉得被欺骗的好惨，打了刘松一拳，陈安安泫然欲泣，胡励金指责刘松缺德，身为厂公，就是太监中的太监，居然还和黄花大闺女纠缠不清，汪直让朱一品看完了再说，才发现是误会一场，上面写刘松是厂公的亲戚。宁王和皇上下棋，言语之中，暗藏机锋，宁王耍了一个小花招，互换了两人的棋子，扭转局势。宁王野心昭彰，皇上起了疑心，正和太监说着话，皇上突然晕倒了。
皇上醒来发现自己失明了，太医院的太医束手无策。炼制丹药的然仙师趁机上位。聂紫衣又来找朱一品办事了，原来然仙师本名然冰銮，是一个海外方士，本来皇宫养一个神棍并不是什么大事，可是皇上突发眼疾，锦衣卫怕妖道误国，希望朱一品查查然冰銮的身份。胡励金知道朱一品会回皇宫查案，因怕被问罪，想趁夜逃走。朱一品从药单中发现然仙师给皇上的配方混在一起吃是有毒的。崔文西向皇上献药，为了打消皇上的疑虑，主动请求试药。为了阻止皇上吃药，聂紫衣和柳若馨带着朱一品夜闯皇宫......
然冰銮阴谋败露逃跑 朱一品意外吃掉丹药
聂紫衣柳若馨带着朱一品闯进皇上卧室，请皇上不要吃药，皇上却说崔文西已经喝了药，可是什么事都没有，皇上很相信然仙师，而朱一品一时也拿不出药有毒的证据。出于对朱一品的信任，皇上特许朱一品将药拿回去研究，聂紫衣也向皇上请求将崔文西带回去审查。因为医馆财务紧张，朱一品再次向皇上提起了曾许诺给他的一千五百两黄金，皇上借口累了，拒绝了朱一品的请求。刘松将陈安安调戏的心如鹿撞，自己却若无其事的走了。
朱一品找不出药方哪里有问题，柳若馨疑惑崔文西替皇上试药，居然没被毒死，其中一定有古怪。柳若馨打倒狱卒，闯进崔文西的牢房，逼问崔文西药到底是怎么回事，崔文西本来很是害怕，听见了牢房外的动静，自己主动撞上了柳若馨的剑，被然冰銮带着人抓个正着，然冰銮欲定罪柳若馨，聂紫衣指出然冰銮没有品级，不能定罪柳若馨，可是柳若馨在众目睽睽之下杀了人是事实，被锦衣卫抓起来关进大牢。
皇上欲定罪柳若馨，朱一品情深意重，主动请求同罪，皇上判天和医馆全员流放，收回医馆的金字招牌。皇上起了疑心，让宁王试药，宁王连忙推辞。朱一品出现，当场揭破了然冰銮的阴谋，原来朱一品早在检查尸体时就发现了蛊虫，推测然冰銮一定是在丹药中加了蛊虫。眼看大势已去，然冰銮跑出房间，众人追上，迎面遇到一群杀不死的侍卫，然冰銮欲挟持皇上，朱一品为了保护皇上，与然冰銮纠缠撕扯中意外吞掉了丹药。然冰銮眼看挟持皇上不成，假装挟持宁王，逃出皇宫。
宁王责怪然冰銮不该私自行动，然冰銮让宁王不要担心，他还有后手。为了逼出朱一品体内的蛊虫，朱一品喝了泻药还饿着肚子，以期能将蛊虫除掉，却并没有用。陈安安一大清早发现医馆的金字招牌不见了，吓得要死，转身在路边发现招牌立在路边，众人都很奇怪，以为有人来踢馆。朱一品认为是小偷所为，正奇怪小偷为什么不偷金子，却偷一块铁做的牌匾时，苟尚仁来了......(剧情百科原创剧情，转载请注明出处!)
