明朝中叶，东南沿海倭寇猖獗。胡俞戚率军抗倭，却因粮草不周，大军陷入困境。江南总督许慎有心相助，却被告知浙江藩司仓廪尽空，无粮周济。与此同时，浙江布政使刘兆良却在深夜起运了百万担漕粮、漕银。刘兆良自以为行事周密，料不知，暗地里早有不同的人在跟踪监视。
而此时，地处偏僻的汇泽县也爆出一桩大案，汇泽侯府五十万两白银神秘被盗，县太爷闻讯急传女牢狱卒铁飞花前往勘验。铁飞花是臬司府捕头铁苍龙之女，天资聪慧，精通医术，自创一套依据痕迹描摹现场的查案方法，并能通过脉相和经络判断人言语的真伪。
铁飞花受命赶到汇泽侯府勘察，不料，却遭到侯府管家的奚落，铁飞花一怒之下命丫鬟柳儿掌掴管家以示惩戒，铁飞花的言行作派让众人乍舌……
威风扫地的侯府管家带领铁飞花勘察了银库和侯府四境。
十五日后，刘兆良趁六十寿诞携眷潜逃。七十万石漕粮也在途中神秘失踪。
杭州知府赵鸿道称刘兆良向杭州府征税是奉了圣旨。经核查，圣旨竟是假冒的……
为百姓免遭重征赋税之苦，铁苍龙恳请陈清明下令追查漕粮、漕银下落。陈清明要等候亲差到来处置，并阻止铁苍龙私下查案。
在将事情的经过加以陈述后，铁飞花信心满满的声言，盗贼已然查出，是内贼所为，众人闻听均感差异……
女神捕剧照
按察司陈清明不查漕案却与浙江巡按御史道宁中则联名上奏纠劾藩司违制之举。一时间，江南众官员人人自危。
为了百姓， 铁苍龙求自己的好友老迷糊帮他搜集线索。
侯府盗案告破，铁飞花却意外发现了一具兵士的尸体，她推断名兵士的身份为漕船上的兵士，并主动请命将尸体送往杭州禀报上宪。
铁飞花精准的判断，得到总督府参正知事吕中的赞赏，并暗示她有望成为一名真正的捕快。遇到了伯乐铁飞花欣喜不已，孰不知吕中正是漕案的幕后操控者……
赵鸿道请铁苍龙前去勘验护送漕粮的兵士尸体，却遭到吕中派去的死士的狙击，随着漕案的调查展开，铁苍龙感到漕案复杂。
铁飞花还在满心憧憬着她的捕快生涯时，料不知，危险已悄然临近……吕中命属下虞风带人在途中拦劫铁苍龙，延误他前往查验尸体;再由另一名属下欧阳蛟潜入府衙刑房毁尸灭迹。当铁苍龙赶到刑房时，兵士尸体的面目已被毁坏无法辨认了。吕中和赵鸿道认为线索已断，铁飞花不顾父亲的阻拦，道出自己的看法：断言刘兆良有同谋，毁尸即是破绽，听完铁飞花的推断分析，吕中惊惧不已，也由此更坚定了他灭杀铁氏父女打算……
老迷糊无意中得到刘兆良参与谋反的信札，不料，却被一直跟踪他的快意堂好汉劫走。吕中发现可藉机要挟刘兆良的书信丢失，唯恐落入铁飞花手中。便设计掌控铁飞花。
铁飞花无意卷入漕案，并想介入案件的调查，铁苍龙深感案情庞杂，不想铁飞花卷入，送她出城返回汇泽，铁飞花也隐隐感到漕案另有隐情，临行前嘱咐爹爹要万分小心……
吕中别有图谋，借口铁飞花办案方式神奇，又在泽汇县屡破陈案积案，向许慎举荐铁飞花参与漕案的勘察。
