为了回来传信，欧阳蛟返回吕府。望着死在自己怀中的欧阳蛟，他发誓要找到劫匪，追回漕粮、漕银。
吕中传令手下待刘兆良现身，立即将他和铁飞花一并杀死，切断线索，为欧阳蛟报仇。
铁苍龙带着柳儿到按察司府请罪，陈清明请九侯爷处置。九侯爷要以其人之道，还治其人之身，将铁苍龙拘押在行辕作为人质，等铁飞花上钩。
杨小檐快马追上铁飞花，告诉她那些在宴会上盯住的杀手，除二人逃走外，全部自尽，没有问出任何口供。判断那些人可能是某些官场人物秘密豢养的杀手。铁飞花知道杨小檐心里不愿得罪官场中人，请他回去。杨小檐却执意要助她一臂之力。
吕中发觉自己情急失误，应该留下刘兆良这个活口，追查漕粮的下落，便让陈方赶赴南京传信，依照画像，将铁飞花置于死地。
方谨作为钦差大臣查办漕案，觉察到江南官场许多微妙之处。他提审铁苍龙，觉得他人品不错，便对铁飞花行刺一事有了怀疑。铁苍龙如实相告。方谨决定利用铁飞花的武功胆识、智慧计谋，牵动引发江南官场的破绽，暗中出手相助。
铁飞花她们赶往刘兆良的藏身处。
吕中派人前去南京找刘兆良逼问漕粮的下落，又派亲信虞风去杀掉铁苍龙嫁祸给九侯爷，让铁飞花和九侯爷的积怨更深。
高旗一行跟踪时发现沿途留有暗记，不知何人所为。
铁飞花等人刚来到一处小宅院门外，便遭偷袭，掌持中镖身亡。几路人马都在寻找刘兆良，院落中发生混战。铁飞花说出三才宫的机密，院中帮众才对她说出刘兆良藏身的密室。
刘兆良从密道逃走，铁飞花对着逃跑的刘兆良恩威并施，希望它可以说出漕粮的下落，并且可以帮助他洗掉谋反的罪名。刘兆良不听劝解，执意跑路，等到铁飞花追到的时候，。
却发现刘兆良已然被人杀掉灭口，尸体下的船板上留下了他用手指沾血写下的“走”字。
杨小檐循着掌持提供的店铺和青楼地址，查找刘兆良的家人。然而，藏身于店铺和青楼的刘氏亲属，尽皆被杀。
铁飞花返回宅院见到杨小檐，告知刘兆良已死。刘兆良一死，漕粮找不到，刺杀钦差的罪名洗不清，铁苍龙和柳儿的危机也迫在眉睫。杨小檐提醒她要冷静，这时，铁飞花接到高旗飞镖传信，九侯爷想纳铁飞花为妾，铁苍龙不允，九侯爷欲命手下燕七将铁苍龙秘密处死。铁飞花悲愤交加，快马加鞭赶往杭州，途中被老迷糊拦住，告之铁苍龙已死于狱中，他买通杵作对铁苍龙的尸体详加查验，证实是死于风云十三刀刀法，凶手正是燕七。
铁飞花得知父亲死讯，直闯钦差行辕，九侯爷震怒下令格杀，方谨极力劝双方冷静。但都司府已派出重兵护驾，势成骑虎。幸得老迷糊赶到，抖出金绳助铁飞花脱困。
漕案迷雾重重，吕中、方谨均已陷入其中不得要领。对于刘兆良的死吕中分析到并非只有他们在追查漕粮的踪迹，他决定一边盯紧线索寻找漕粮，一边伺机而动对付铁飞花。
老迷糊要铁飞花作出选择，要么行医救人独行江湖;要么跟随他，去西南偏远处隐居藏身。铁飞花已知自己处境危难，犹豫不决。这时，杨小檐带柳儿前来，两人都没觉察到身后竟然跟随着一位神秘人物。这位神秘人物声称受人之托前来与铁飞花商谈，他明言相告，九侯爷必死无疑，无论死在谁手上，铁飞花都难逃干系。因此，希望铁飞花与他联手，杀死九候爷。铁飞花突然出手欲捉拿来者，那人飘然而去。
铁飞花公然刺杀九候爷，刑部、都察院、大理寺三司下发海捕文书，缉拿铁飞花、老迷糊，并以重金官位，吸引武林高人加入缉捕行列。
铁飞花最终没有选择老迷糊指出的两条路，决定继续追查破获漕粮一案，告慰父亲在天之灵。她只求老迷糊将柳儿带走。
