韩晓琳被周新宇弄到一个山寨的翠竹山庄，韩晓琳醒来后就看到了自己昏迷时候遭受各种折磨不堪照片，几乎崩溃。叶教官宣布，她已经加入了K3，代号孤燕。韩晓琳被关在黑屋子里，遭受了惨无人道的虐待和折磨。她没有想到，策划这一切的，竟是周老师!在韩晓琳受到折磨的时候，训练中的王斌也心灵感应般地莫名心痛恐慌。
徐公道转交给了王斌两封信，一封来自林涛涛，一封来自韩晓琳。王斌展开韩晓琳的信件：……鸣凤的脸只有风吹过，月亮照过，太阳晒过，妈妈吻过，鸣凤是纯洁的。今天，您愿意亲亲鸣凤吗——王斌，如果你爱我，就趁现在找个无人的角落，亲吻这篇滚烫的信纸吧……
王斌的情感激荡着，他如获至宝般地捧起信纸，将脸轻轻地贴上去，仿佛寻到了韩晓琳的甜美气息……徐公道对王斌等人展开了严格的训练，他们要学习角色扮演、心理评估、说服、利用、甚至欺骗……训练目标就是要让他们掌握各种常人所不能掌握的特殊技能，包括军事、政治、语言、法律、心理学、社交等等并且可以熟练运用。
他们要学会研读对方心理、密码密语、审讯和反审讯、渗透侦察和反渗透侦察、跟踪和规避，更重要的是学会运用大脑——他们不是超人，但是他们必须具有超出常人灵活的大脑才可以胜任这个工作。与此同时，韩晓琳在翠竹山庄也在经受着殴打与折磨，并强迫她投入训练。
在一次执行任务中，楚静和王斌被抓，分别关押在暗房里。“敌特”以王斌的安危为要挟，让楚静说出教官的名字。楚静屈服了。忽然，铁柜另一边的房门突然被打开，一束强烈的灯光直接照了进来。门外，众多的学生坐在教室里，沉默着看着楚静从里面走出来。王斌好好的坐在学生中间，只不过他的两眼中早已是满含着热泪。
楚静明白过来，这一切都只是考验。徐公道宣布，楚静被淘汰了。王斌的心情复杂。雷鹏替楚静打抱不平，一怒之下，狠狠地打了王斌一个拳头……徐公道给学员们布置了新任务，角色扮演。学员们身无分文，也没有任何证件，各自为战，要在规定时间到达接头地点。
王斌抓住并制服了偷窃的曹小宝，却被巡警林涛撞到，林涛对王斌的狼狈疑惑且火光，但将身上所有的钱都给了他;肖天明在大学校园里眼中含泪地编造了一个悲惨故事，将单纯的女孩陈点点骗倒，陈点点慷慨解囊济贫;雷鹏一路匀速跑步前进，却被一个长跑教练相中……
王斌正赶往接头地点，忽然看到了烂醉如泥的楚静。楚静趴在王斌的肩上，放声大哭，说她的出局，竟是因为关心一个人……王斌一咬牙，将楚静扛在肩上，不管不顾地跑了起来，一直把她送回家。听着王斌关门的声音，床上的楚静突然醒了，异常清醒。接头处，不时有学员跑来报道，忽然，楚静的出现，让肖天明和雷鹏吃了一惊。
肖天明明白过来，楚静并没有出局，这本来就是设好的局中局，楚静的任务就是让王斌不能准时到达。果然，比规定的时间迟到了五十八分钟，王斌脸上血汗交加，疲惫地站在徐公道面前。当他发现被楚静欺骗后，两人缓和的关系再度陷入僵局。韩晓琳因训练成绩优异而被委派在毕业典礼上表演特技射击。在毕业典礼上，韩晓琳把枪口对准了迫害她的教官和宪兵们，枪枪爆头，也和保镖发生激战。正当她准备自尽时，却被周新宇击中右肩，韩晓琳被捕。
黑牢里，周新宇与韩晓琳面对面，沉默无语。韩晓琳请求，杀了她。周新宇却摇头，说如果他能争取让韩晓琳重新回到燕宁，她还会死吗?韩晓琳愣住了。周新宇继续哄骗说，只要完成一个小任务，不杀人不放火，对她来说易如反掌，就能让她回燕宁，继续以前的生活，并把那些照片和加入k3的誓言都还给她。
韩晓琳动摇了。周新宇将一堆俄文资料丢在了韩晓琳的面前，让她做好功课。燕宁礼堂里，厚厚的窗帘拉着，里面的灯光肃穆。舞台上是一面巨大的党旗，覆盖了整个屏幕。王斌、楚静、肖天明、雷鹏等几十个年轻人身着崭新的中国人民解放军军装，整齐地站在党旗前，举起右拳宣誓入党誓词。
肃静当中，穿着军装的冯云山大步走上舞台，站在党旗前面。他看着这些年轻人，宣布从今天开始，他们就真正成为党的情报干部!隐蔽战线的无名战士!他们从此将和这些先辈一样走入黑暗中，将他们的青春、他们的智慧甚至是他们鲜血和生命全部奉献给一句誓言、一个信念和一种信仰，那就是——对党绝对忠诚!
结业典礼后，王斌径直来到了韩晓琳家。赵美华欣喜地告诉王斌，韩晓琳就要从苏联留学回来了。赵美华和王斌在月台上翘首等待着。火车缓缓进站，停稳，旅客们潮水般涌下。韩晓琳看见母亲的身影，迎了上去。王斌也看到了她就要跑上去，看看赵美华又放慢脚步，故意走在赵美华身后。赵美华上前紧紧抱住了韩晓琳。母女相拥而泣……
但韩晓琳却对王斌表现出了格外的冷淡，她将目光投到王斌身上，淡淡一瞥，然后说道，你有事就去忙吧，别耽误了你。然后就和母亲一起上了车。王斌的笑容僵住了，他默默地关上车门，看着汽车远去……
