市郊富甲一方的石岭农工商总公司发生疑似疫情事件，CDC接到匿名举报，感到现场，可是财大气粗的镇长告诉他们只是虚惊一场，不存在传染疫情，只是有人因为与镇长不睦而蓄意捣乱。
陈思源敏锐地发现事情并非镇长粉饰的那么简单，他和土财主之间的较量就此展开，尽管一开始有着秀才遇见兵的不便，但执着的责任感还是让他看到了疫情的端倪——轮状病毒。
此时恰好是一个美国财团来石岭考察投资之际，疫情的披露使得投资陷入僵局。就在众人都以为投资行为大势已去之际，美国商人却向他们伸出了友好之手：感动这个商人的，正是CDC的拳拳之心。
一名在家休学的大学生薛明明生病，经查感染了S病毒。CDC立刻行动起来，查找传染源和传播链。外地医院也上报说有一例疑似S病毒患者。这些独立的病例叫CDC很头痛。找不出其中的关联。围绕大学生，CDC展开调查，毫无线索。
到CDC实习来的大学生吴小姹看到隔离的薛明明赶到惊慌失措，操作起来险些酿成大祸。陈思源从薛明明的言谈中感觉她显然隐瞒着什么。有一个电话打来，说自己感染的S病毒，并且已经把自己隔离了起来。
CDC人员赶去，发现竟然是吴小姹。在关海的推理之下，吴小姹终于说出了她的传染源-男朋友刘波。刘波是医科大学的研究生。是他把S病毒从实验室中不小心带了出来。而他自己却因为曾经感染过S病毒而具有了免疫力。
而且，他已经办好了签证手续马上就要出国留学。刘波和外地那名患者曾经在同一实验室。而薛明明是刘波过去的女友。传播链终于找到了。发现及时没有引起社会恐慌。
德国皮特在登机时刻突然发作重病，突然发病摔在卫生间里，被送到附近医院。诊断为军团病。而时刻一家大模特公司的模在即将登台演出的时候，邱荻等三个模特突然高烧。公司老板梅姐为了不影响自己的演出，将她们一起送往一家没有任何资质的私人医院。
医生是二把刀，医院没有意识到邱荻是军团病，以重症感冒高烧治疗。演出还在继续，模特公司的女孩再发三例相似病例，其中一个姑娘病重而亡。私人诊所为遮掩真相，采取抛尸家行动。却很快被警方发现，根据线索，很快发现私人诊所隐匿着三例感染病毒。
尸检结果尸体和邱荻等姑娘被感染军团菌病。 军团菌病是由嗜肺军团菌所致的急性呼吸道传染病，属于乙类传染病，主要污染中央空调的冷凝塔。城市出现军团菌病非同小可，引起了卫生部的高度注意，CDC一定要追查到底。
军团菌病一旦蔓延起来，将引起爆炸效应。CDC要求在全国各个宾馆饭店，及有中央空调的宾馆都进行一次大清查。
可是在本位主义思想的影响下，他们面对CDC小组成员，千方百计组绕CDC的调查工作，但是这一切都被思缜密的陈思源发现，真像大白，皮特和邱利之间藏匿神秘的关系告白天下。
