默娘打入无名岛工地,遇上海妖和为虎作伥的浪里飞,也遇到了被逼做苦力的许茂盛,通过交心,许为默娘的大度宽容所感动,诚恳地对从前的不理智做了道歉。默娘渐渐初知了龙王建行宫的内幕,但路程遥远,她弄不清楚无名岛的具体位置。而此时,她被海妖误关进了铁笼不得脱身。默娘的失踪在林吴两家引起恐慌。桂花牢记默娘的临行嘱咐,说她一定时间不归,就说明遇难,届时桂花代她为妻。侠义心肠的桂花向吴宗伦示爱时,吴却不为所动,结果最后请算命先生看了一下两个人的生辰八字,说是桂花为克夫命,这让桂花放弃了嫁给吴的想法。默娘得以脱身后,把亲人们活着的消息带给乡亲们,大家喜极而泣。默娘回到吴宗伦身边,揭穿了吴宗伦捏造假生辰八字的技巧,同时,也为吴的坚贞所感动。
江施旗下狱问罪,任吴宗伦为泉州知府。此时,敌兵侵我边境,皇上命徐大人率兵征讨。睚眦获得消息,乘龙王不在时,调集重兵进行袭击,默娘立即飞到海面救险,半路遇上晏公祸害渔民,默娘打败晏公。对方却死死拖住她不放,并告诉她,如果救人,会有凶险。默娘哪里会信,将晏公打倒在地,毅然赶赴出事海面。经过一番苦斗,默娘救下官船,但在海滩上又遭遇睚眦及其爪牙的围攻,终因寡不敌众,默娘倒在沙滩上。待菩萨和大仙赶到时,她已没了呼吸……菩萨和大仙封住默娘的魂魄,然后由大仙去玉帝面前为她申请海神封号,却遭到四海龙王联手反对。默娘的死讯传来,惊动了四面八方信众,纷纷出资为她建庙,香火直冲九天,感动玉皇大帝和王母娘娘,终于同意加封默娘为海神,封号妈祖。
龙王得知睚眦为他惹下大祸,痛恨不已,下令将睚眦一顿痛打。默娘的灵堂中,假杨生全赶来吊孝,被桂花认出,但他已悄然离开。为了早日建成妈祖庙,百姓们夜以继日地劳作,吴宗伦也派出了自己的家丁参与其中。睚眦恐惧于妈祖为神,只希望她忘记了前世的事,于是加紧了行宫修建速度。妈祖受封后升天,送别她的信众人山人海,妈祖到玉皇大帝驾前,玉皇多加勉励,四海龙王也争相巴结。妈祖尊重前辈,却不受他们的礼物。她把妈祖神邸建立在故乡,为的是接近百姓,方便救难。睚眦一伙仍然顾忌妈祖,想试探她一番,假如妈祖记得前世的事,那就一定要杀掉她以绝后患。
妈祖回到吴宗伦家,管家对她顶礼膜拜。她与吴宗伦相互勉励,决心更好地为民造福。睚眦率众海妖袭击外国人的商船,妈祖奋而抢救,打败睚眦一伙,并使搁浅的商船脱离险境。船长考特儿事后登门感谢,表达了对妈祖的信仰与依赖。黑甲岛的三寨主周树立来请妈祖降妖并救治患病乡亲,妈祖到达渔村后,施法术救治病人,最后通过一番较量,把高里鬼降服并收到自己帐前效力。妈祖临行前向桂花说明吴宗伦捏造假生辰八字的良苦用心,并让她以女人的温柔感化吴宗伦,促成他的接纳。桂花闯到吴的公堂上状告吴宗伦,让吴哭笑不得。
为了实现妈祖的遗愿,桂花不惜投怀送抱,然而吴非但不为所动,反而晓以大义,让桂花心服口服,决定不再纠缠于他。高里正处理完杂事,前来投奔妈祖,却遭到桂花的阻拦,两人发生冲突后和解。妈祖儿时伙伴阿霞婚后不育,求妈祖赐子,妈祖去向师父观音转求优钵花送给阿霞。在天庭,妈祖向龙王打听失踪民夫消息,龙王拒不配合。听说马六甲海面上的鸡鸣岛有恶魔俘虏民间女子为祸,妈祖决定前去伏妖救人。龙王回宫后,向睚眦逼问劫持民夫真相,却被睚眦巧妙地蒙混过关。妈祖来到鸡鸣岛,发现许多老迈不堪的中外女人,原来是被恶魔莫尔斯玩弄过又变老的。听了妇女们的控诉,妈祖气愤不已,立即与莫尔斯决战,并把莫尔斯压在了玉如意之下。
高里正代妈祖救人立功,但酒后乱性,欲对桂花行不轨,幸喜妈祖的仙绳阻止了他的行为。妈祖见莫尔斯不服,决定凭实力斗争,让他心服口服。当莫尔斯设计将妈祖关入魔洞,妈祖将计就计,反让莫尔斯作茧自缚,变成老汉。妈祖作法炸掉魔洞,众妇女获救,妈祖还原其原貌并送她们回家,莫尔斯归顺妈祖。落难女子阿菊被人劫持为娼,求妈祖搭救,桂花急中生智,化妆成妈祖制止老鸨的恶行,没想到被对方识破。键时刻,高里正出手救下桂花和阿菊,从而将功补过,取得了桂花的谅解。无名岛工地缺人丁,睚眦命令海妖加倍抓人,他们想出了让民夫光着上身劳动的毒计,防妈祖混上海岛,坏他们的事。妈祖上岛不成,便改派高里正上岛,摸清建行宫细节,搜索证据。