高里正遵照妈祖的指示，故意被海妖捉去修行宫，江小凡被那副对联折腾得走火入魔般，却仍然想不出下联。林妙珠百般安慰，江小凡被妻子的善良与温柔彻底感动，但他似乎感觉到自己有大灾临头，因此，在与妙珠温存后，不得不再次将她打昏。为了铲除妖患，妈祖给晏公下战书，后者不得不硬着头皮出战。妈祖终于大败晏公，而晏公最后抛出那个上联让妈祖对，妈祖对出后，晏公突然头疼欲裂，倒在地上挣扎。原来这晏公就是江小凡，那个上联是睚眦所施的咒语。玄通道长赶到现场寻仇，用宝瓶收了晏公，而妈祖从大爱出发，又将晏公救下。林妙珠从昏迷中醒来，不见丈夫，也感觉不妙，抱着孩子赶到现场，用自己和孩子的亲情打动晏公，使他服服帖帖归顺了妈祖。江小凡改邪归正后带着妙珠去看牢狱中的江施旗，江在清楚了儿子的实情后，带着忏悔之心，死于狱中。
妈祖手下的成员多了起来，江小凡即晏公又向她提供了无名岛行宫乃是睚眦篡位夺权的阴谋，妈祖获得了第一手证据。高里正在无名岛取得了海妖的信任，距离获取更多的证据又近了一步。妈祖派江小凡去岛上与高里正联手，两人经过一番争斗后，冰释前嫌。睚眦到底获得了狴犴出家的准信，策划带手下爪牙彻底消灭之，妈祖周密布置部下保护狴犴。此时，泉州诸地大旱，吴宗伦焦急中决定，开仓放粮，救济灾民。为了从根底解决旱灾，吴亲自来求妈祖帮助求雨，并设下求雨坛为妈祖壮声势。妈祖当面求到雨神跟前，雨神答应次日去灾区降雨，久旱地区的百姓见到了希望。
灾区百姓盼雨之时，不料雨神出尔反尔，并不兑现降雨承诺。妈祖十分气愤，直上天庭与雨神理论。凭着妈祖的智慧，到底逼雨神就范，旱灾区域喜降大雨。为了安置灾民，妈祖吩咐部下把黑甲岛开垦成良田，让部分灾民到岛上定居，妈祖施神术种下蔬菜，从此有了菜子屿。睚眦一伙追踪到出家为僧的狴犴，并施苦肉计让他说出自己的身份后突然变脸，痛下杀手，千钧一发之际，妈祖及时赶到，打跑睚眦救下狴犴。狴犴一心一意跟随妈祖保国护民，他提供道，天庭有留音石，如果借得此宝，定会将睚眦等人的讲话录下。睚眦追杀狴犴不成，又生毒计，索性将修建无名岛的罪恶推到狴犴身上，达到一箭双雕，除龙王夺王权的目的。为保证无名岛工程不被泄露，睚眦又请出他力大无穷的六弟，企图将台湾岛背负远离大陆。
妈祖借回留音石，并交给高里正让他伺机录下睚眦密谋的罪证。皈依后的狴犴回家见杨生全夫妇，畅叙天伦之情。台湾获。妈祖想出办法，用天钉把宝岛拴住，让睚眦无计可施。高里正借送饭的机会，盗取了嘉兴嘉佑的帐本做为建行宫的罪证。海妖们请示睚眦，行宫建成后，民夫如何处理？睚眦命令全部杀掉民夫，嫁祸龙王。这些密谋过程全被高里正暗暗地录下来。王母娘娘寿诞，邀请妈祖赴宴，但事关民夫的生命，妈祖决定放弃赴宴。而黑甲岛匪首浪里飞表面死心塌地效忠海妖，其实暗地里拉拢亲信，时刻想东山再起，继续为匪。妈祖率部下赶到无名岛，与嘉应嘉佑发生争斗，二海妖处境狼狈。
浪里飞带领部下援助二海妖，但敌不住妈祖的法力。狼狈逃跑时，被妈祖仙绳捆住，只好投降。按照妈祖的安排，二海妖可以把渔船上的民工转移到安全地带，然而，浪里飞出来使坏，鼓动海妖易地为匪。二海妖听从了他的怂恿，把高里正灌醉，企图劫持全部民工为匪。睚眦安插的亲信发现航向不对，火速向睚眦禀报。穷凶极恶的睚眦率众倾巢出动，向船只发出光弹，企图杀民夫以灭口。妈祖率部属及时赶到。与睚眦混战时，妈祖见许多民夫落水，便跑回娘家，以大义说服嫂子，把自己家的房屋点燃，取火照明给落水民夫指导航向。
落水民夫获救，林愿却烧掉了自己的房屋。林家的行为感动了邻居们，大家纷纷出力帮助林家重起房屋。敌兵犯境，皇上下诏拜吴宗伦为前敌将军，率军抗敌。出发之际，妈祖带胡三儿子毛毛要求从军。龙王在玉帝面前参奏，告妈祖怠慢王母娘娘寿诞之罪，妈祖具实揭露出睚眦的罪行，使玉帝十分震惊。在诸多人证物证面前，玉帝下旨，下令查处睚眦一伙的罪行，并判处睚眦一伙斩刑。吴宗伦率众与敌决战，将敌兵逼退至顺风岛上，敌兵调来炮火增援，使宋军受挫。吴宗伦战死疆场。妈祖出现，大义凛然，劝退敌兵。我军顺利收复失地。后来，吴宗伦被敕封为抗敌英雄。自此，妈祖的事迹传遍海内外。(妈祖大结局完)
