本剧讲述1937年南京大屠杀的四十九日里发生的故事。日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事――逃难。紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂。
围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。
教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。
在这四十九个日夜里，他们和他们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱地变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。
四十九日·祭剧照
改编自严歌苓长篇小说《金陵十三钗》的电视剧《四十九日·祭》讲述了南京被日军攻占后，49日内发生的人间惨剧，反映了绝境中的生命意义与人性救赎。此外，在尊重原著基础上，《四十九日》也有所创新：不再是两个女性群体的命运互换，而是多个群体的逃生故事;外国的神无法救中国的人;乱世佳人情感碰撞;新加入的军人形象更有热血等。对此，导演张黎也曾表示说：“我们希望打捞历史，在大悲剧中挖掘生命的本质，真实还原人性的选择和情感力量。”宋佳饰演的玉墨在剧中没有凋零，而是作为战后幸存者参与了大屠杀清算;电影版的外国神父角色将由白玉兰视帝张嘉译演出;新加入的军人形象更有热血，由胡歌饰演的陆军少尉戴涛将与小宋佳饰演的玉墨展开一段压抑又凄美的感情故事。
