1940年在重庆国民党军事委员委密电侦译处，黎征农接到毛主任的电话，并汇报了从昨天晚上到现在已经截获了354封密电，分别是日军航空队，日军各个师团突然更换了密码，都是同一种密码，到目前为止一封也没有破译出来。
黎征农来到破译处，询问大家破译的怎样，众人都无所收获，黎征农说他们都是党国的侦译界的顶级权威，就怎么奈何不了小鬼子的鬼密码。下边人说这是一些全新的高级密码，通常情况下是需要3年破译的。黎征农听后说日军一夜间频繁发报多达三百多份，这一定是有重大行动，此时已经惊动了最高当局。
毛主任对破解专家们说，根据军统局的情况，日军今日采取重大的战略行动，行动代号是虎穴，目标就是他们重庆，并分析这些电报跟虎穴紧密相关。下边人说如果想要破译这样的代码，不仅要精通密码学，还要精通日语、日本文化。黎征农听后说他们有这样的人。陈长官听后询问，黎征农突然改口说人才他们不缺，陈长官说不要给他打马虎眼。毛局长让所有人都出去，告诉陈长官此人是译电科科长郑云帆，并说他是数学天才才能。黎征农说如果他如果不能破译，那么全中国就没有人能破。毛主任说这个现在正在隔离观察，他有亲共现象。陈长官听后说把他接过来，他就在这边等，一定要见见这个天才。
日军飞机上，久井中佐告诉下边人从现在开始不要说日语，下边人质疑虎穴行动要必须执行吗?日井听后说如果在质疑命令就地枪决。
茶馆中，小曲说他截获了一份密电，他破译了部分内容，是关于虎穴行动的内容，并说电报上说，日本人将在重庆实施一个代号为虎穴的特别行动，要求潜伏在重庆的特工下午5点钟跟一个人会面，具体地点跟人他没有破译出来，另外一个人听后说，这就对了，其他渠道获得信息是他们要在罗曼咖啡厅会面。并安排让他们一定要弄清楚虎穴的具体内容。
幻影电视剧剧照
黎征农来到了关押郑云帆住处，询问了一下郑云帆的情况，然后来见郑云帆。告诉郑云帆要接他回译电处，有重大的密电需要他去破译，郑云帆说自己已经辞职了，要接他回去就直接送他回家。黎征农说不会让他在破译共产党的密码了，并把日本人的密电交给了郑云帆。并说陈长官跟毛主任都在等着他，并劝郑云帆要抓住这个机会，要不他将会终身监禁，并说从昨天晚上到现在他们已经截获了三百多份。
郑云帆听后说党政军警宪特六大系统都有自己的破译人员，黎征农说六大系统都束手无策，郑云帆说是一种新型高级密码，谁也不能在短期内破译。六大系统束手无策理所当然。也可以根据发送者发送的数量来做出判断，并询问去年5月3日4日发生了什么事情，黎征农说日军对重庆发动的大轰炸，郑云帆询问5月2日发生了什么，并告诉黎征农5月2日是大轰炸的前夕，日中各兵种也频繁发报，数量也高达三百多封。郑云帆跟这回密电室。
郑云帆来到密电室见到陈长官，陈长官考验郑云帆，郑云帆对答如流，陈长官询问是否能破译密电，郑云帆说这种高级密码短时间内无法破译，现在不要管这些电报，重点监听菊花跟海盗这2个电台，下边人告诉说从昨天晚上这2个电台就实施了无线电静默，郑云帆说重大行动前，日本人不会犯这种低级错误，这2个电台一定是修改了发报时间跟频率，陈长官听后让所有人按照郑云帆说的去做。
郑云帆跟六二猴查到了海盗台的密电，并破译出来电报内容是大雾大雾大雾，然后继续跟六二猴查找菊花台。并截获了菊花台的密电，菊花台也更换了密电。
中共人员绑架了眼镜蛇，并获得了眼镜蛇跟日本人碰头的文件，然后前往罗曼咖啡厅与久井碰头。
耿建勋装扮成眼镜蛇去见了久井，久井看过他的身份证明就将它放进了衣兜里，建勋指责他应该当场销毁的。久井则指责眼镜蛇为何不使用接头暗语?同时质问他袖口上为何有血?耿建勋谎称情况有变，有人走漏了风声，所以自己就把那个人给杀了。胡先生接到电话后不禁大发脾气，之后赶紧给冯将军打了电话。
车夫把久井和“眼镜蛇”带到了海边，久井说他们是不能接受他为和谈代表，而自己也不是谈判代表，而他们都是信使。建勋质问久井都带来了什么信?久井口头提出了两点要求，建勋要求他把备忘录的修订本交给自己，可是久井却说明天再给他，因为过了今晚他们中国就会遍地收尸体……建勋质问他今晚会发生什么事情?久井说他马上就会看到地狱的景象。
郑云帆听到了空袭声，手下向黎征农报告，毛主任有请。毛主任命令黎征农去军政部押解一个人，而他要赶到冯大炮和记者之前赶到，万一到时候情况有变，就看他手软不手软了。黎征农匆匆将哥哥黎国熙的绳子解开并带他走，刚走到楼下，冯大炮的手下和记者就赶到，黎征农假意让哥哥逃跑，之后他在后面开枪将哥哥打死。
日本人发动了空袭，这时车夫在后面要枪杀建勋的时候，被建勋识破打倒在地上，久井和建勋打了起来，车夫醒来想要开枪打死建勋的时候，玉洁开枪将车夫打死，此时建勋一眨眼的功夫，久井便不见了。到处都是炮火声，诗影腹痛难忍，郑妈妈在那里拼命的喊救命，胡先生看到情况赶了过去。黎征农绝望的走在路上，他跪在地上失声痛哭。胡先生把受伤的郑母和诗影送到了医院，医生说手术台只有一个，所以让他选择到底救谁。郑母请求他救诗影，并说那可是两条人命。
望着死去的妈妈，郑云帆伤心不已，这时胡先生抱着她出生的女儿出来，云帆给她起名小念。建勋在那里自责，因为自己让那个日本人溜走了。领导让他不要有思想包袱，并说他缴获的修订本是非常有利的证据。诗影质问郑云帆，心里是不是还在想着樱子，而他当年之所以娶自己是不是也是因为自己扮演了楚楚可怜的日本女人?云帆告诉诗影，他们是小念的父母，所以他们是一家人，永远都不分开。
手下向久井说起电报的内容：帝国之花在上海法租界成功刺杀西北军名将，大本营予以加奖……久井生气的阻止她不要往下念了，同时质问此次的任务是什么?手下告诉他，秘密查明中国军政首脑的秘密官邸，指挥部所在地……
一年后，日本战略轰炸机空袭蒋介石官邸。黎征农猜测他们内部一定是出了奸细，要不然他们怎么会那么精确时间和地点。毛主任指责黎征农，都一年了郑云帆为何还没有破译出密电。郑云帆守在母亲的墓碑前，此时他想起了四年前自己执意要回国的情景……樱子告诉郑云帆，不管他做什么样的决定，自己永远都不会忘了他的。
