为了保护吴敏，曹政让关亚弟去云南大学帮吴敏请假，安排吴敏先住在公安厅招待所。万大齐通知昆明市一监狱孙四康在治安处，并亲自把孙四康送上车，老孟带回孙四康。曹政捡到孙四康的怀表，骑自行车追上囚车去还给孙四康，并跟老孟说明，在劳动旅社是他安排的苦肉计，是他让孙四康去找耿光明的。曹政一直目送孙四康离开。
孙四康回到监狱后，发现曹政给了自己很大的尊重，内心复杂。孙四康回想起耿光明说过的，不管自己是生是死，让孙四康一定要和吴敏一起销毁化学武器。经过激烈的思想斗争，孙四康将耿光明给自己留下的十字线索通过监狱告诉了治安处。曹政无意间听到吴教授和吴敏的对话，觉得有点奇怪。通过吴教授得知，原来吴敏是吴教授的养女，吴敏的生母是吴教授的学生傅子欣。
万大齐得到孙四康提供的线索，自己到处寻找跟十字有关的地方，却没有进展。吴敏将销毁化学武器的方法交给曹政，主动要求跟曹政一起寻找化学武器。曹政怀疑十字指的是耿光明以前经常去的教堂，然而众人在地下室只找到耿光明的书。暗中跟踪着的马脸把曹政等人去教堂的行踪告诉汤伯凡，汤伯凡试探性地从受尽折磨的耿光明眼睛里得到确认。曹政怀疑化学武器藏在教堂大厅，要去教堂彻底搜查，杜旭原万大齐都不同意。
晚上曹政带着梁志强悄悄前往教堂，在十字架下的桌子处有所发现。赖广仁带着徐三德马脸进入教堂，曹政梁志强躲藏。梁志强溜进神父办公室给治安处通风报信。赖广仁发现电话没放好，拔枪准备搜寻，曹政持枪进入，五人僵持。曹政急中生智带着梁志强跑走。万大齐带人赶到，与赖广仁等发生激烈枪战，马脸中枪。赖广仁徐三德扶着马脸进入一家医馆，威胁老头给马脸治伤。关亚弟邵小毛到处搜寻特务，进入医馆却没发现。
曹政梁志强坐在教堂外，梁志强问曹政为什么枪里没有子弹，曹政正要解释，宋广琛赶来。众人在教堂取出化学武器，宋广琛建议先搬回547厂。汤伯凡劝说耿光明跟自己合作，耿光明拒绝。为了化学武器，汤伯凡不惜毁了整个昆明城。汤伯凡让赖广仁三人上山躲藏。
成功找到化学武器，杜旭原很满意，曹政前往教堂继续寻找线索缉拿特务。众人找到之前汤伯凡藏身的农舍，在屋里找到耿光明的帽子，推断特务进山了，曹政让大家守住下山的公路等他们现身。装化学武器的箱子上了密码锁打不开。汤伯凡约见仙人掌，原来此人正是白运祥，二人密谋。耿光明建议赖广仁上山找药农要粮食和草药，徐三德前往。魏永新被药农所救，死里逃生，并医好了伤腿。徐三德假冒地质勘探队员从药农处弄到了粮食和草药。
宋广琛白运祥乘车前往靶场进行新式手雷测试，中途汤伯凡持枪出现，击毙司机，威胁宋广琛交出新式手雷设计图纸。宋广琛坚决不同意，汤伯凡要将宋广琛带走，白运祥主动提出自己做人质，放了宋广琛。万大齐提醒曹政，山里住着药农，特务未必会下山。关亚弟突然跑来通知大家，白运祥被绑匪绑架了。曹政怀疑这不是单纯的绑架，而是冲着化学武器来的。
徐三德带着粮食和草药回到山洞，把药膏给马脸敷上，耿光明帮助马脸减轻痛苦。曹政梁志强前往547厂了解情况，发现宋广琛在说谎，留下梁志强暗中留意宋广琛动向。白运祥装作被汤伯凡打伤，和耿光明被关在一起。曹政万大齐讨论白运祥被绑架的事，万大齐回忆之前白运祥说他自己是搞化学的，曹政带着邵小毛前往云南大学调查。调查发现，白运祥和耿光明钱厚海都是在英国留学的同学。
汤伯凡打算将药农灭口，徐三德带着汤伯凡前往药农住处，药农没在，魏永新躲在麻袋里逃过一劫。白运祥尝试从耿光明口中问出化学武器密码箱的密码，耿光明没说。曹政从王秘书处得知，上次是白运祥让他帮助宋广琛作伪证的。 吴敏突然闯入治安处，要求离开招待所，曹政说这都是为了她的安全。梁志强发现宋广琛明天中午十二点会带着设计图纸到西郊的戚家湾砖厂去交换白运祥。
