阿然与扶苏置气，负气回到相府，李斯一顿责骂，令她马上回去，阿然羞愤之下自杀未果，扶苏闻讯赶来探望，李斯一席倾谈，令扶苏开始改变了对他的看法。黎姜不满始皇穷极民力，离开宫廷回到父亲身边做起了工匠的活计，始皇忿忿而来，责备黎姜自甘下贱，丢了始皇的脸面，黎姜不卑不亢，坚持自己的道理，始皇一腔怒火都发泄在了陶俑身上。
范杞良深夜逃回家中，日夜思念他的孟姜女却认不得已被折磨得不成人形的夫君了。夫妻俩才刚相认，追捕逃役的的兵士已经打门了。范杞良发誓一定熬过徭役回家团圆，孟姜女则答应不管多远，一定要把寒衣送到夫君手上。
始皇将与黎姜儿时游玩的神水潭照样搬到了咸阳，黎姜被始皇的痴情所感动，但仍然坚持不接受任何封号，始皇感叹：只有你是我无法征服的。
右丞相王绾被始皇派往岭南监军，自知一去无返，临走将对始皇的不满表露无遗。嬴成不甘心就此认输，私下联合博士儒生，鼓动公子扶苏，借讲学之名大肆宣传改制。始皇反而更加厚待诸儒，下旨大修学宫。此举赢得扶苏大声叫好，与李斯的配合也更融洽了。
始皇设宴庆寿，鼓动儒生畅所欲言，儒生们不知轻重地批评起始皇的政绩来，这种批评很快又演变成分封与集权之争，始皇始终不动声色地听着。始皇探望病中的黎姜，黎姜对扶苏理政表示担心，始皇却认为扶苏该经经风雨见见世面了。
就在大批儒生涌入咸阳，街谈巷议满城风雨之时，始皇突然隐居不见了。精明的李斯预见到山雨欲来，将自己手下尽数派出去，充当改制的反对派。嬴成联合宗室子弟、儒生方士，议请扶苏实施改制，扶苏委决难下，正要点头时，始皇突然出现在众人面前。
始皇痛斥嬴成狂妄，训诫扶苏幼稚，传旨李斯下诏，封学馆，焚诗书，一场热闹的改制喧嚣戛然而止。扶苏遭始皇软禁，就在此时，阿然毅然与父亲李斯决裂，回到了扶苏身边。
始皇对儿子深感失望，下诏将扶苏发往北地监军，希望严酷的塞外和军旅生活能使扶苏变得强硬起来。长城脚下，扶苏一行救了遭劫的孟姜女，孟姜女却拒绝扶苏的善意帮助，反过来替劫匪求情，大秦徭役的苛重令扶苏赧然不已。
骊山工地，始皇意外地邂逅了早已解甲归田的爱将二更，但他此时已是奄奄待毙的逃役囚徒了。最后一次东巡的路上，始皇听说了孟姜女的故事，始皇派人找到孟姜女，告诉她范杞良已经不在了，要她不要再找了。深夜，孟姜女的哀哭声里，埋葬着包括范杞良在内无数民夫的长城一角在大雷雨中坍塌了。
自知来日无多的始皇星夜赶往蒙恬驻军大营，要向扶苏交待后事。赵高也严令手下，未经他的允许不准任何人接近皇帝。始皇夜召李斯，望他能够辅佐扶苏继续大秦的伟业，李斯也知道始皇已经不行了，但是坚持犯忌讳的话一句不说。
夜半，始皇知大限已到，遗命赵高将军国大权交与扶苏蒙恬，千古一帝就这样在荒郊旷野里无声地去了。隐忍了四十年的赵高终于露出野心家的狰狞，在赵高威逼利诱下，李斯与之合谋篡改了遗诏。
上郡大营内，扶苏手捧“遗诏”质问李斯，大秦的未来在哪里。苍苍大地，茫茫长城，只有已被赐死的扶苏的声音在回荡着……(全剧终)
