伍连德为了弄清鼠疫的源头，让穆德惠寻找疫病尸体，进行解剖。“入土为安”是祖上的规矩，给死人“开肠破肚”更是闻所未闻。这种破坏祖宗习俗、大逆不道的做法，遭到村民一致反对。为解疫情源头之惑，伍连德坚持必须解剖尸体。
穆德惠很快找到一具刚刚得瘟疫死亡的寡妇尸体，伍连德立即赶往死者家中，正解剖死者尸体，被村民发现，愤怒的村民投掷石块击打伍连德。混乱中，穆德惠保护着伍连德逃出傅家甸，解剖失败。伍连德心有不甘，想趁天黑继续前往傅家甸解剖寡妇尸体，不想眼前一片火光，寡妇家已是一片火海。
此时，老中医修起的儿子修暮良急匆匆跑来告诉伍连德老乌吉去世了，伍连德赶到修德堂开始解剖乌吉尸体，终于在老乌吉肺中得到了重大发现，找到了鼠疫杆菌，并且发现这种病菌是可以通过呼吸传染的。伍连德决定通知所有的外国医院和医生，让大家引起注意，同时让哈尔滨所有人都戴口罩预防传染。
伍连德让防疫总站制作了大量的口罩，请修德堂熬制中药保肺汤免费分发给百姓，预防鼠疫传染。在此防疫的关键时刻，熬制保肺汤的药材遭土匪抢劫。俄领事和海关关长尤里金拜访伍连德，意在借防疫为名，派兵进驻哈尔滨。此事涉及国家主权，遭到伍连德严词拒绝。
沈家李账房知道自己贪污的事情败露，急忙向姚仲亭求助。姚仲亭对沈家女儿沈秀莲早有色心，却遭沈秀莲怒斥，姚仲亭怀恨在心，遂将姜达明关入大牢。姚仲亭告沈会长贪污防疫款，把沈会长一家抓进大牢。
穆德惠接到市民举报，得知姜达明被姚仲亭抓进大牢，立即通知伍连德，伍连德赶往道台府解救姜达明。新任李道台宣布上方旨意，免去姚仲亭和那道台的职务，听候处理。姜达明和沈家人一起得救，而狡猾的姚仲亭借交官印之机，跑到沙俄驻哈尔滨领事馆投靠了尤里金，当上了沙俄东清铁路巡警队中国班队长。
